R语言 clstutils包 classifyPlacements()函数中文帮助文档(中英文对照)

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classifyPlacements(clstutils)
classifyPlacements()所属R语言包：clstutils

                                         Taxonomic classification by phylogenetic placement.
                                         系统分类亲缘安置。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given taxonomic information from a reference package and inter-node distances from a reference tree, perform classification of one or more placements provided by pplacer.
由于从参考参考树包和节点间的距离的分类信息，进行分类pplacer提供的一个或多个展示位置。


用法----------Usage----------


classifyPlacements(taxdata, treedists, placetab, ...,
    verbose = FALSE, debug = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：taxdata
data.frame, output of taxonomyFromRefpkg  
data.frame，taxonomyFromRefpkg的输出


参数：treedists
output of treeDists
treeDists输出


参数：placetab
a data.frame with columns at, edge, and branch
同列数据框at，edge，branch


参数：...
extra arguments passed to classifyIter
额外的参数传递classifyIter


参数：verbose
writes progress messages to terminal if TRUE
进度信息写入到终端，如果为TRUE


参数：debug
be very verbose if TRUE
很详细，如果为TRUE


值----------Value----------

The output is a data.frame describing the taxonomic assignment, along with a description of the confidence of the classification. See the man page for classify for details on the output.
输出的是一个data.frame描述分类分配，描述与分类的信心。看到classify手册页输出的详细信息。


作者（S）----------Author(s)----------



Noah Hoffman




参见----------See Also----------

treeDists, taxonomyFromRefpkg
treeDists，taxonomyFromRefpkg


举例----------Examples----------


placefile <- system.file('extdata', 'merged.json', package='clstutils')
distfile <- system.file('extdata', 'merged.distmat.bz2', package='clstutils')
refpkgz <- system.file('extdata', 'vaginal_16s.refpkg.tar.bz2', package='clstutils')

tmpdir <- tempdir()

orig.dir <- getwd()
setwd(tmpdir)
system(paste("tar --no-same-owner -xjf", refpkgz))
setwd(orig.dir)


refpkg <- file.path(tmpdir, "vaginal_16s.refpkg")

treedists <- treeDists(distfile=distfile, placefile=placefile)
taxdata <- taxonomyFromRefpkg(refpkg, seqnames=rownames(treedists$dmat), lowest_rank="species")
placetab <- data.frame(at=49, edge=5.14909e-07, branch=5.14909e-07)
result <- classifyPlacements(taxdata, treedists, placetab)
result

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