FuncAssociate介绍

gene

FuncAssociate [http://llama.med.harvard.edu/cgi/func/funcassociate]
FuncAssociate是一个基于web的工具，接受一个基因列表作为输入，并返回输入列表中过表达或低表达(over- or under-represented)的GO属性。经过多重假设检验后只有那些统计上具有显著性的过表达或低表达的属性才会被报道。目前有10个物种被支持。除了输入基因列表外，用户还可以指定a)这一列表是否被认为是排序还是乱序的。b)FuncAssociate所认为的总基因(the universe of genes)。c)单独报道过表达或低表达的属性，还是两者都报道。d)p-value cutoff值。
新版的FuncAssociate(还处于测试阶段)支持更广泛的基因命名方案，并使用更为频繁更新的GO相关文件(GO associations)，然而原来版本的一些特性诸如按LOD排序或查看基因属性表格的选项还没有实现。