R语言 clippda包 spectrumFilter()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

spectrumFilter(clippda)
spectrumFilter()所属R语言包：clippda

                                        A function to filter out samples with conflicting pair-wise compound
                                         函数过滤掉冲突成对复合样品

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function filters out samples whose spectra  have poor pairwise correlations. These  samples give conflicting TIC information.
此功能过滤出样品的光谱有成对的相关性较差。这些样品给冲突TIC信息。


用法----------Usage----------


spectrumFilter(Data,threshold,no.peaks)



参数----------Arguments----------

参数：Data
a data frame of duplicate peak data, in the format of "raw .csv" data  from the Biomarker wizard. The original data frame to have the following columns: SampleTag, CancerType, Spectrum., Peak.  Intensity and Substance.Mass.  
一个重复的峰值数据的数据框，在“原料”。CSV“生物标志物的向导的数据格式。原始数据框有以下栏目：SampleTag，CancerType，Spectrum.，Peak。 Intensity和Substance.Mass。


参数：threshold
indicates the threshold for rejecting  samples whose spectra contain conflicting signal information.   
表示拒绝样品的光谱包含相互矛盾的信号信息的阈值。


参数：no.peaks
the number of peaks.
峰的数目。


值----------Value----------

A data frame with two columns: the first contains the IDs of the samples meeting the threshold and the second contains the corresponding correlations  (i.e. similarities in peak information across spectra).
一个具有两列的数据框：第一个包含满足阈值的样本的ID，第二个包含相应的相关系数（即在整个光谱的峰值信息相似之处）。


作者（S）----------Author(s)----------


Stephen Nyangoma



参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


#######################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃]
#######################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃]

data(liverRawData) # raw version of liverdata[原始版本的liverdata]
############################################################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
############################################################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
# These samples pre-processed to:[这些预先处理样本：]
#  (i) discard the information on samples which have no replicate data, and[（一）丢弃没有复制数据的样本信息，]
# (ii) for samples with more than 2 replicate expression data, only duplicates with most [（二）超过2复制的基因表达数据的样品，只有重复与大多数]
#      similar peak information are retained for use in subsequent analyses. [类似的高峰信息被保留在随后的分析中使用。]
# A wrapper function for executing these two pre-processing steps is preProcRepeatedPeakData[一个包装函数执行这两个前处理步骤是preProcRepeatedPeakData]
#############################################################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]
#############################################################################################[＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃ ＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃＃]

threshold <- 0.80
no.replicates <- 2
no.peaks <- 53
Data <- preProcRepeatedPeakData(liverRawData, no.peaks, no.replicates, threshold)

head(spectrumFilter(Data,threshold,no.peaks))

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。