MUMMer&&ACT: Artemis Comparison Tool(基因组比对的可视化)

gene

1:MUMmer程序一般包括:mummer\nucmer\Promer\run-mummer1 and run-mummer3

这里主要用到的程序是nucmer,其实nucmer 可以代替 mummer程序，所以不用care第一个程序了。直接介绍nucmer.

2:nucmer  多条核酸序列之间的比对,使用于定位DNA序列的保守区，适用于一条参考序列对多条未知序列的比对。(一条参考序列和多条contig) 它的结果可以用mummerplot进行画图，也可以使用mapview.

nucmer -p nucmer ref.fasta query.fasta     生成文件：nucmer.delta
       show-coords nucmer.delta > nucmer.coords     生成文件：nucmer.coords

可视化比对结果：
A:解析MUMmer比对结果：(文件输入为：nucmer.coods输出:nucmer.tab)
nucmer_coords2ACT_galaxy.pl（http://toolshed.g2.bx.psu.edu/re ... ords2ACT_galaxy.xml）
B:可视化软件：(文件输入：nucmer.tab)
（ACT: Artemis Comparison Tool，http://www.sanger.ac.uk/resources/software/act/）
输入注释文件，从GenBank下载####.gb文件，然后从read entry中输入，输入文件类型选择（Artemis Files,default）。


3：PROmer 比对多条离散的核酸序列，在比对之前先将DNA序列翻译成蛋白质序列，以6个氨基酸为基长，产看保守性。性能要好于NUCmer.其它的雷同。(具体运行参见http://mummer.sourceforge.net/)