R语言 ChromHeatMap包 drawMapDendro()函数中文帮助文档(中英文对照)

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drawMapDendro(ChromHeatMap)
drawMapDendro()所属R语言包：ChromHeatMap

                                         Draw a heatmap and dendrogram for a strand-specific data matrix
                                         绘制热图和树状为钢绞线的具体数据矩阵

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a data matrix, cluster by sample (if desired), and plot the dendrogram and heatmap along chromosome coordinates. This function reuses code from the gplots heatmap.2 function. Note that this function makes assumptions about the current layout of the display device, and so should generally be called only via plotChrMap.
给定一个数据矩阵，样本聚类（如需要），积沿染色体坐标的聚类分析和热图。此功能的代码重用heatmap.2函数的gplots的。请注意，这个函数使得显示设备当前布局的假设，所以一般应称为只有通过plotChrMap。


用法----------Usage----------


drawMapDendro(x, start, end, col = "heat.colors", dendrogram = TRUE, Rowv = TRUE,
              margins = c(6, 6), na.rm=TRUE, hclustfun = hclust, distfun = dist,
              breaks, RowSideColors, cexRow, cexCol,
              xlab, ylab, labRow, labCol, na.color = 'gray', ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
The strand-specific data matrix to cluster and plot, usually generated using createChrMatrix.
钢绞线的具体数据矩阵聚类和图，通常使用createChrMatrix。


参数：start
The starting genome coordinate for the plot.
起始基因组协调的图。


参数：end
The ending genome coordinate for the plot.
截至基因组协调的图。


参数：col
A character vector of colors to use in the heat map, or the name of a function generating such a vector.
热图，或生成一个向量的函数的名称中使用的颜色的一个特征向量。


参数：dendrogram
A boolean flag indicating whether or not to draw the dendrogram.
一个布尔标志，表示是否要绘制的聚类分析。


参数：Rowv
Determines if and how the sample dendrogram should be reordered. If a dendrogram, then it is used "as-is", i.e., without any reordering. If a vector of integers, then the dendrogram is computed and reordered based on the order of the vector. Set this argument to FALSE or NULL to draw the heatmap without any sample reordering.
决定是否以及如何重新排列样本聚类分析应。如果dendrogram，然后它是用“是”，即没有任何重新排序。如果一个整数向量，然后计算聚类和向量的顺序重新排序的基础上。将此参数设置为FALSE或NULL，没有任何样本重新排序，绘制热图。


参数：margins
A numeric vector indicating the c(bottom, left) margins of the plot containing X and Y axes labels.
一个数字矢量显示的C（上下，左右）的图利润率含有X和Y轴的标签。


参数：na.rm
Whether or not to remove NA from calculations.
无论从计算不适用。


参数：hclustfun
Function used to compute the hierarchical clustering when Rowv is not a dendrogram object.  Defaults to hclust.
函数用来计算层次聚类时Rowv是不是一个树状对象。 hclust默认。


参数：distfun
Function used to compute the distance (dissimilarity) between both rows and columns.  Defaults to dist.
函数用于计算行和列之间的距离（相异）。 dist默认。


参数：breaks
(Optional) Either a numeric vector indicating the splitting points for binning x into colors, or a integer number of break points to be used, in which case the break points will be spaced equally between min(x) and max(x).
（可选），无论是数字的向量表示为分割点分级x成的颜色，或要使用的突破点整数，在这种情况下破发点，将间隔min(x)“之间同样 max(x)。


参数：RowSideColors
(Optional) Character vector of length nrow(x) containing the color names for a vertical side bar that may be used to annotate the rows of x.
（可选）长度的字符向量nrow(x)包含可以用来注释x行垂直侧栏的颜色名称。


参数：cexRow, cexCol
(Optional) Positive numbers, used as cex.axis in for the row or column axis labeling. If these arguments are omitted the function will try and calculate a sane axis font size based on the number of rows or columns respectively.
（可选）正数，行或列轴标签使用cex.axis。如果这些参数省略，函数会尝试并计算出一个合理的基础上的行或列数分别轴字体大小。


参数：xlab, ylab
X- and Y- axis titles; defaults to none.
X和Y轴标题，默认为无。


参数：labRow, labCol
Character vectors with row and column labels to use; these default to rownames(x) or colnames(x), respectively.
行和列标签使用的特征向量;这些rownames(x)或colnames(x)，分别默认。


参数：na.color
Color to use for missing value (NA). Defaults to gray.
颜色使用遗漏值（NA）。默认为灰色。


参数：...
Additional arguments are passed to the image function.
额外的参数传递给image功能。


Details

详情----------Details----------

This function makes assumptions about the plot layout, usually set by the enclosing chrHeatMap function. Typically neither of these functions should be called directly, but rather via the wrapper plotChrMap function.
此功能使图布局的假设，通常是由封闭chrHeatMap功能设置。通常这些功能都不应直接调用，而是通过包装plotChrMap函数。


值----------Value----------

This function is executed for its side effects.
这个函数执行它的副作用。


作者（S）----------Author(s)----------


Tim F Rayner



参见----------See Also----------

plotChrMap, createChrMatrix, chrHeatMap
plotChrMap，createChrMatrix，chrHeatMap


举例----------Examples----------


data('demo')
stranddata <- createChrMatrix( chrdata, chr=22, strand='forward',
  start=21925000, end=24300000 )
layout(matrix(1:2, ncol=2), widths=c(0.1,1))
drawMapDendro( stranddata, margins=c(0,0) )

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