snp.cor(chopsticks)
snp.cor()所属R语言包：chopsticks
Correlations with columns of a snp.matrix
与一个snp.matrix的列的相关性
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function calculates Pearson correlation coefficients between columns of a snp.matrix and columns of an ordinary matrix. The two matrices must have the same number of rows. All valid pairs are used in the computation of each correlation coefficient.
此函数计算之间snp.matrix和一个普通的矩阵列列的Pearson相关系数。两个矩阵必须具有相同的行数。使用所有有效的对各相关系数的计算。
用法----------Usage----------
snp.cor(x, y)
参数----------Arguments----------
参数：x
An <VAR>N</VAR> by <VAR>M</VAR> snp.matrix
一个<VAR>列印</功> <VAR> M </ VAR的>snp.matrix
参数：y
An <VAR>N</VAR> by <VAR>P</VAR> general matrix
一个<VAR>列印</无功> <VAR>，P </无功>通用矩阵
Details
详情----------Details----------
This can be used together with xxt and eigen to calculate standardized loadings in the principal components
这可以用来连同xxt和eigen计算标准化负荷的主要组成部分
值----------Value----------
An <VAR>M</VAR> by <VAR>P</VAR> matrix of correlation coefficients
一个<VAR> M“/无功>按<VAR>，P </无功>矩阵的相关系数
注意----------Note----------
This version cannot handle X chromosomes
此版本不能处理的X染色体
作者（S）----------Author(s)----------
David Clayton <a href="mailto:david.clayton@cimr.cam.ac.uk">david.clayton@cimr.cam.ac.uk</a>
参见----------See Also----------
xxt
xxt
举例----------Examples----------
# make a snp.matrix with a small number of rows[与少数的行1 snp.matrix]
data(testdata)
small <- Autosomes[1:100,]
# Calculate the X.X-transpose matrix[计算X.X转置矩阵]
xx <- xxt(small, correct.for.missing=TRUE)
# Calculate the principal components[计算的主要组成部分]
pc <- eigen(xx, symmetric=TRUE)$vectors
# Calculate the loadings in first 10 components,[计算前10个组件的负荷，]
# for eaxample to plot against chromosome position[，为eaxample对染色体上的位置绘制]
loadings <- snp.cor(small, pc[,1:10])
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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-25 15:01:11
