R语言 ChIPsim包 writeReads()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

writeReads(ChIPsim)
writeReads()所属R语言包：ChIPsim

                                         Create fastq file from read positions
                                         从只读位置创建fastq文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This is an interface to pos2fastq that writes all reads for a given genome to a single file.
这是一个接口pos2fastq写道：对于一个给定的基因组到一个文件中的所有内容。


用法----------Usage----------


writeReads(readPos, readNames, sequence, quality, file, ...)



参数----------Arguments----------

参数：readPos
List of read positions with each component holding the read positions for one chromosome, which are themselves  two component lists that provide forward and reverse strand positions.  
每个组件为一条染色体，这本身就是两个组件列表，提供正向和反向链位置读取位置与阅读位置的名单。


参数：readNames
List of the same shape as readPos providing read names.  
名单readPos提供读取名称相同的形状。


参数：sequence
Genome reference sequence (a DNAStringSet).  
基因组参考序列（DNAStringSet）。


参数：quality
Read quality scores (see Details).  
阅读质量分数（见详情）。


参数：file
Output file.  
输出文件。


参数：...
Further arguments to pos2fastq.  
pos2fastq进一步的论据。


Details

详情----------Details----------

If quality looks like it might refer to a fastq file an attempt is made to create a  ShortReadQ object. The read qualities of any  ShortReadQ object passed as quality  (directly or indirectly as file name) are extracted and passed on to pos2fastq  as quality argument. Otherwise it is passed on unchanged.
如果quality看起来像它可能是指到fastq文件试图创建一个ShortReadQ对象。任何ShortReadQ对象的阅读素质，通过quality（直接或间接为文件名）中提取，并通过pos2fastqquality参数。否则，它是通过对不变。


值----------Value----------

The name of the output file.
输出文件的名称。


作者（S）----------Author(s)----------



Peter Humburg




参见----------See Also----------

pos2fastq
pos2fastq

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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