R语言 ChIPsim包 sampleReads()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

sampleReads(ChIPsim)
sampleReads()所属R语言包：ChIPsim

                                         Sampling sequence read positions from a read density.
                                         采样序列读取读取密度的立场。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a read density this function returns the starting positions of sequence reads.
鉴于只读密度函数返回序列的起始位置读取。


用法----------Usage----------


sampleReads(readDens, nreads = 6e+06, strandProb = c(0.5, 0.5))



参数----------Arguments----------

参数：readDens
A two column matrix of read densities (as produced by bindDens2readDens).  
两列矩阵的读取密度（bindDens2readDens生产）。


参数：nreads
Number of read positions to generate.  
读取位置生成数。


参数：strandProb
A numeric vector with two elements giving weights for forward and reverse strand.   
与两个提供正向和反向链的重元素的数字向量。


Details

详情----------Details----------

The expected number of reads for each strand is strandProb * nreads.
预计读取每个股的数量是strandProb * nreads。


值----------Value----------

A list with components fwd and rev giving the read positions on the  forward and reverse strand respectively.
与组件列表fwd和rev给只读的正向和反向链上的位置。


作者（S）----------Author(s)----------



Peter Humburg




参见----------See Also----------

bindDens2readDens
bindDens2readDens


举例----------Examples----------


set.seed(1)
## generate a (relatively short) sequence of nucleosome features[＃产生的核小体的功能（比较短）序列。]
features <- placeFeatures(start=200, length=1e5)

## calculate feature density[＃计算功能密度。]
featureDens <- feat2dens(features, length=1e5)

## convert to read density[＃转换读取密度]
readDens <- bindDens2readDens(featureDens, fragDens, meanLength=160)

## sample reads[＃示例读取]
## of course you would usually want a much larger number[＃当然，你通常会希望有一个更大的数]
readPos <- sampleReads(readDens, nreads=1000)


转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。