R语言 ChIPsim包 pos2fastq()函数中文帮助文档(中英文对照)

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pos2fastq(ChIPsim)
pos2fastq()所属R语言包：ChIPsim

                                         Convert read positions to fastq records
                                         转换fastq记录的读取位置

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Convert read positions for a single chromosome (both strands) into read sequences + qualities and write them to file
转换为一个单一的染色体（双链）入读序列+素质读的立场和它们写入文件


用法----------Usage----------


pos2fastq(readPos, names, quality, sequence, qualityFun, errorFun,
        readLen = 36, file,
        qualityType = c("Illumina", "Sanger", "Solexa"), ...)



参数----------Arguments----------

参数：readPos
A list of two numeric vectors (one per strand)  
名单的两个数字向量（每串一）


参数：names
List of names to use for reads in fastq file. Has to be of same shape as name.  
列表读取fastq文件中使用的名称。具有相同的形状name。


参数：quality
Passed on as argument to qualityFun.  
qualityFun作为参数传递。


参数：sequence
Reference sequence (a DNAString object).   
参考序列（DNAString对象）。


参数：qualityFun
Function to generate quality scores.  
函数生成的质量得分。


参数：errorFun
Function to introduce sequencing errors.  
功能介绍测序错误。


参数：readLen
Read length to generate.  
阅读长度生成。


参数：file
Output file (either file name or connection).  
输出文件（或者文件的名称或连接）。


参数：qualityType
Encoding to use for read quality scores.  
使用的编码阅读质量分数。


参数：...
Further arguments (see Details).  
进一步的论点（见详情）。


Details

详情----------Details----------

Arguments passed as part of ... will be passed on to qualityFun, except an argument called prob which is passed on to errorFun instead if present.
参数传递的一部分......将传递给qualityFun，称为prob被传递，而不是如目前errorFun参数除外。


值----------Value----------

Invisibly returns the number of records that were written.
无形地返回了书面记录的数量。


作者（S）----------Author(s)----------



Peter Humburg




参见----------See Also----------

See readError for a possible choice of errorFun and readQualitySample for a simple  qualityFun.
看到一个简单的readError errorFun的readQualitySample和qualityFun可能的选择。


举例----------Examples----------


set.seed(1)

## a function to generate random read qualities (in Sanger format)[＃函数来生成随机读取素质（桑格格式）]
randomQuality <- function(read, ...){
        paste(sample(unlist(strsplit(rawToChar(as.raw(33:126)),"")),
                length(read), replace = TRUE), collapse="")
}

## generate a reference sequence[＃生成一个参考序列]
chromosome <- DNAString(paste(sample(c("A", "C", "G", "T"),
        1e5, replace = TRUE), collapse = ""))

## and a few read positions[＃和一些阅读的位置]
reads <- list(sample(100:9900, 5), sample(100:9900, 5))
names <- list(paste("read", 1:5, sep="_"), paste("read", 6:10, sep="_"))

## convert to fastq format[＃转换为fastq格式]
pos2fastq(reads, names, sequence=chromosome, qualityFun=randomQuality,
        errorFun=readError, file="")


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注：
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