subsetSummary(chipseq)
subsetSummary()所属R语言包：chipseq
Compute summaries for cumulative subsets of a short-read data set.
计算累计短期只读数据集子集的摘要。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Divides a short-read dataset into several subsets, and computes various summaries cumulatively. The goal is to study the characteristics of the data as a function of sample size.
短期只读数据集分为几个子集，各种汇总累计计算。我们的目标是研究的数据作为样本大小的功能特点。
用法----------Usage----------
subsetSummary(x, chr, nstep, props = seq(0.1, 1, 0.1),
chromlens = seqlengths(x), fg.cutoff = 6, seqLen = 200,
fdr.cutoff = 0.001, use.fdr = FALSE, resample = TRUE,
islands = TRUE, verbose = getOption("verbose"))
参数----------Arguments----------
参数：x
A "GenomeData" object representing alignment locations at the sample level.
一个"GenomeData"对象代表在样品水平对齐位置。
参数：chr
The chromosome for which the summaries are to be obtained. Must specify a valid element of x
染色体上的总结获得。必须指定有效的元素的x
参数：nstep
The number of maps in each increment for the full dataset (not per-chromosome). This will be translated to a per-chromosome number proportionally.
完整的数据集（不是每个染色体）的增量在每个图的数量。这将转化为每个染色体数目成正比。
参数：props
Alternatively, an increasing sequence of proportions determining the size of each subset. Overrides nstep.
另外，递增序列的比例确定每个子集的大小。覆盖nstep的。
参数：chromlens
A named vector of per-chromosome lengths, typically the result of seqlengths.
一个命名为向量，每个染色体的长度通常的结果seqlengths。
参数：fg.cutoff
The coverage depth above which a region would be considered foreground.
其中的深度报道，上述区域将被视为前景。
参数：seqLen
The number of bases to which to extend each read before computing coverage.
延长计算覆盖每个读前的碱基。
参数：resample
Logical; whether to randomly reorder the reads before dividing them up into subsets. Useful to remove potential order effects (for example, if data from two lanes were combined to produce x).
逻辑;是否随机重新排列之前，他们划分成子集读取。有用的，以消除潜在的秩序的影响（例如，如果从两车道的数据相结合产生x）。
参数：fdr.cutoff
The maximum false discovery rate for a region that is considered to be foreground.
一个被认为是前景的区域的最大错误发现率。
参数：use.fdr
Whether to use the FDR detected peaks when calling foreground and background.
是否使用FDR检测高峰时调用前台和后台。
参数：islands
Logical. If TRUE, the whole island would be considered foreground if the maximum depth equals or exceeds fg.cutoff. If FALSE, only the region above the cutoff would be considered foreground.
逻辑。如果TRUE，整个岛屿将被视为前景，如果最大深度等于或超过fg.cutoff。如果FALSE，只有上述区域的截止将被视为前景。
参数：verbose
logical controlling whether progress information will be shown during computation (which is potentially long-running).
逻辑控制进度的信息是否将在计算（这是潜在的术语运行）所示。
值----------Value----------
A data frame with various per-subset summaries.
与各种每个子集汇总的数据框。
注意----------Note----------
This function should be considered preliminary, in that it might change significantly or simply be removed in a subsequent version. If you like it the way it is, please notify the maintainer.
这个函数应该被认为是初步的，它可能显着改变，或者干脆在以后的版本中删除。如果你喜欢它的方式是，请通知维护者。
作者（S）----------Author(s)----------
Deepayan Sarkar, Michael Lawrence
举例----------Examples----------
data(cstest)
library(BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9)
## summarize lane 1, chr10 at 0.1, 0.6 and 1.0 proportions[＃总结chr10车道1，0.1，0.6和1.0的比例]
subsetSummary(cstest[[1]], "chr10", props=seq(0.1, 1, 0.5),
chromlens=seqlengths(Mmusculus))
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发表于 2012-2-25 14:55:17
