R语言 chipseq包 chipseqFilter()函数中文帮助文档(中英文对照)

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chipseqFilter(chipseq)
chipseqFilter()所属R语言包：chipseq

                                         Filtering ChIP-seq reads
                                         过滤芯片-seq的读取

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Convenience for creating an SRFilter object appropriate for ChIP-seq data. Typically, the result is passed to readAligned when loading reads.
为适当的ChIP-seq的数据创建一个SRFilter对象的便利。通常情况下，其结果是通过readAligned加载时读取。


用法----------Usage----------


chipseqFilter(exclude = "[_MXY]", uniqueness = c("location", "sequence", "location*sequence", "none"), hasStrand = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：exclude
A regular expression for excluding chromosomes by name. Just like the parameter to bsapply.   
排除染色体的名字，一个正则表达式。就像参数bsapply。


参数：uniqueness
The criteria used to determine whether a read is unique. A read may be unique if it maps to a unique location, has a unique sequence or both. Specifying none avoids this test entirely.  
所采用的标准，以确定是否是唯一的一个只读。如果它映射到一个只读可能是唯一的一个独特的location，具有独特的sequence或两者兼而有之。指定none完全避免这种测试。


参数：hasStrand
Whether to require that the read is mapped to a strand, which usually translates to whether the read was mapped at all.  
是否需要被映射到一个串，通常转换读取是否被映射在所有的读。


值----------Value----------

An SRFilter object
SRFilter对象


作者（S）----------Author(s)----------



M. Lawrence




举例----------Examples----------


sp <- SolexaPath(system.file("extdata", package="ShortRead"))

filter <- chipseqFilter()
aln <- readAligned(sp, "s_2_export.txt", filter=filter)
## allow mapping to the same location (but only if sequence is different)[＃允许映射到相同的位置（但只有当序列是不同的）]
filter <- chipseqFilter(uniqueness = "sequence")
aln <- readAligned(sp, "s_2_export.txt", filter=filter)
## allow sex chromosomes[＃允许性染色体]
filter <- chipseqFilter(exclude = "[M_]")
aln <- readAligned(sp, "s_2_export.txt", filter=filter)

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