R语言 WMBrukerParser包 tofListMetaData()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR · 发表于 2012-10-1 22:44:06

tofListMetaData(WMBrukerParser)
tofListMetaData()所属R语言包：WMBrukerParser

 Parsed TOF-MS Meta-Data
 解析的元数据TOF-MS

 译者：生物统计家园网机器人LoveR

描述----------Description----------

tofListMetaData is a data.frame containing string values for experimental meta-data, with rows and columns addressable by spectrumName and attributeName, respectively.
tofListMetaData实验性元数据，包含字符串值的行和列寻址的spectrumName和属性名称，分别是数据框。

Details

详细信息----------Details----------

Meta-data can also be addressed using spectrum and attribute indices. This option should be used with caution since data and meta-data can be reordered independently during signal processing or statistical analysis.
元数据也可以被处理使用频谱和属性的指数。此选项应谨慎使用，因为数据和元数据可以独立进行重新排序，在信号处理或统计分析。

Values can be updated if desired when tofListMetaData includes NAs due to missing optional parameter files.
值可以被更新，如果需要的话当tofListMetaData包括NAS由于缺少可选的参数文件。

Required meta-data attributes are parsed from required files.
所要求的元数据属性分析所需的文件。

Meta-data attributeNames include:
元数据attributeNames包括：

acquisitionInfo.arrayBarcode - Target (Bruker plate) identifier string, includes target type and target serial number - Required acquisitionInfo.ionPolarity - “positive” or “negative” - Required acquisitionInfo.refId - Spectrum identifier, used for spectrum vector names in tofList and rows names in tofListMetaData (generated by concatenating strings: sampleInfo.sampleName, “_ ”, and replicateNumber - Optional acquisitionInfo.sourceFile - File name (with path) containing binary mass spectrum data, (from directory structure) - Automatic acquisitionInfo.spotIndex - Spot index on MALDI plate - Automatic acquisitionInfo.spotName - Spot name on MALDI plate - Automatic adcGain.high - Digitizer gain factor - Optional adcGain.low - Linear detector voltage - Optional array.affinityType - Capture agent used for purification of biofluid samples - Optional deflector.mode - 1 = linear, 2 = quadratic - Optional experiment.id - Same as acquisitionInfo.refId - Optional instrument.instrumentType - “Ultraflex Series” (hard coded) - Automatic instrument.instrumentVendor - Name of instrument vendor - Required instrument.serial - Instrument serial number - Required instrumentSpecificSettings.adcBandwidth - Digitizer bandwith limit - Optional instrumentSpecificSettings.adcOffset - Digitizer offset, depends on spectrum type and gain factor - Optional instrumentSpecificSettings.adcScale - Digitizer sensitivity, depends on gain factor - Optional instrumentSpecificSettings.detectorBaseVoltage - Detector base voltage, depends on spectrum type - Optional instrumentSpecificSettings.laserIntensityBaseRange - Minimum laser power - Optional instrumentSpecificSettings.laserShots - Number of laser shots per spot - Required instrumentSpecificSettings.timeZero - Intial time in counts (calculated) - Required instrumentSpecificSettings.TOFmode - Spectrometer mode: LINEAR or REFLECTOR - Automatic instrumentSpecificSettings.warmingShots - Number of warming laser shots - Optional laserIntensity.units - % (hard coded) - Automatic laserIntensity.value - Maximum laser power, percent of full scale - Optional laserIntensityWarming.units - % (hard coded) - Automatic laserIntensityWarming.value - Warming Laser power, percent of full scale - Optional mass.units - “Da” (hard coded) - Automatic mass.value - Low mass cut off for matrix suppression - Optional massCalibration.calibrationSpectrumFile - Calibration folder name. (If unavailable “?” is assigned as default) - Optional massCalibration.dateCalibrated - Calibration date - Required massCalibration.equation - c1*((T0+(X-1)*Tdelta)/U)^2+c0*((T0+(X-1)*Tdelta)/U)+c2 (hard coded) - Automatic massEnd.units - Mass units, “Da” (hard coded) - Automatic massEnd.value - Highest mass in acquisition range - Optional massStart.units - Mass units, “Da” (hard coded) - Automatic massStart.value - Lowest mass in acquisition range - Optional param.c0 - linear coefficient in calibration equation - Required param.c1 - quadratic coefficient in calibration equation - Required param.c2 - constant term in calibration equation - Required param.Mode - Calibration mode: 1 = linear, 2 = quadratic - Optional param.T0 - Digitizer delay in ns - Required param.TDelta - Dwell time in ns - Required param.U - Nanoseconds/milliseconds conversion factor, “1e6” (hard coded) - Automatic replicateNumber - Index of occurrence of sampleInfo.sampleName - Automatic sampleInfo.groupName - Clinical group sample is associated with, used for classification analysis - Optional sampleInfo.sampleDescription - Additional sample description - Optional sampleInfo.sampleName - Sample identifier (if missing, the directory name is used as the default value) - Optional sampleInfo.sampleSource - Laboratory where data was acquired (user supplied input parameter: ParserParams.dataSource) - Required software.version - version of XACQ software - Required spottingInfo.spotProtocol - Laser movement patern during data acquisition - Optional timeOfFlightData.dateCreated - Data file creation date (from date stamp on fid file) - Automatic timeOfFlightData.domain - Data domain, “time” (hard coded) - Automatic timeOfFlightData.encoding - Data encoding, “base64” (hard coded) - Automatic timeOfFlightData.end - Number of data points in spectra - Required timeOfFlightData.offset - Initial value for offset of spectra, will be updated during alignment procedure, “0.0” (Hard coded) - Automatic timeOfFlightData.pairOrder - Order of measurement pairs for TOF data, e.g., time - intensity, “t-int” (hard coded) - Automatic timeOfFlightData.scale - Initial value for linear scale coefficient for spectra, updated during alignment: “1.0” (hard coded) - Automatic timeOfFlightData.start - Index for onset of data acquisition, hard coded: “1” - Automatic 
acquisitionInfo.arrayBarcode - 目标（布鲁克板）标识符字符串，包括目标类型和目标序列号 - 所需的 的acquisitionInfo.ionPolarity - “阳性”或“阴性” - 需要 acquisitionInfo.refId - 频谱标识符，用于对于光谱向量名在tofListMetaData在tofList和列名（通过连接字符串的sampleInfo.sampleName，“_”，和replicateNumber - 可选 的acquisitionInfo.sourceFile - 包含二进制质谱数据的文件名（路径），（目录结构） - 自动 acquisitionInfo.spotIndex - 现货指数MALDI板 - 自动参考acquisitionInfo.spotName的 - 现货MALDI板 - 自动参考adcGain.high的名字 - 数字转换器的增益因子 - 可选 adcGain.low - 线性检测电压 - 可选 array.affinityType - 捕捉剂用于纯化生物制剂样品 - 选购参考deflector.mode - 1 =线性，2 =二次 - 可选 experiment.id - 同作为acquisitionInfo.refId - 可选 的instrument.instrumentType - “的UltraFlex系列”（硬编码） - 自动 instrument.instrumentVendor - 仪器供应商的名称 - 所需的 的instrument.serial - 仪器序列号 - 必需的 instrumentSpecificSettings.adcBandwidth - 数字转换器带宽限制 - 可选的参考instrumentSpecificSettings.adcOffset - 数字转换器偏移量，取决于光谱类型和增益因子 - 选购参考instrumentSpecificSettings.adcScale - 数字转换器的灵敏度，取决于增益因子 - 可选的参考instrumentSpecificSettings 。detectorBaseVoltage - 检测器基极电压，取决于频谱的类型 - 的可选 instrumentSpecificSettings.laserIntensityBaseRange - 最小的激光功率 - 可选 instrumentSpecificSettings.laserShots - 每点的激光脉冲数 - 需要的参考instrumentSpecificSettings.timeZero - ，工作存在的时间数（计算）了 - 所需 instrumentSpecificSettings.TOFmode - 光谱仪模式：线性或反射 - 自动参考instrumentSpecificSettings.warmingShots - 变暖的激光脉冲数 - 可选 laserIntensity.units - ％（硬编码） - 自动 laserIntensity.value - 最大激光功率％的满量程 - 可选 laserIntensityWarming.units - ％（硬编码） - 参考laserIntensityWarming.value - 温自动激光功率，满刻度的百分比 - 可选 mass.units - “大”（硬编码） - 自动可参考mass.value - 切断低质量矩阵的抑制 - 可选 massCalibration.calibrationSpectrumFile - 校准文件夹名称（如果不可用“？”指定为默认值） - 可选 massCalibration.dateCalibrated - 定标日期 - 所需的 的massCalibration.equation - c1*((T0+(X-1)*Tdelta)/U)^2+c0*((T0+(X-1)*Tdelta)/U)+c2（硬编码） - 自动 的massEnd.units - 质谱单位，“大”（硬编码） - 自动参考massEnd.value - “在收购范围内的最高质量 - 可选 的massStart.units - 质谱单位，”大“（硬编码） - 自动参考massStart.value - 最低质量的收购范围 - 可选 param.c0 - 在校准方程的线性相关系数 - 必要的参考param.c1 - 在校准方程的二次项系数 - 必要的参考param.c2 - 校准方程的常数项 - 所需的 的参数。模式 - 校准模式：1 =线性，2 = - 可选的二次 param.T0 - 数字转换器在纳秒的延迟 - 必需的参考param.TDelta - 停留时间（ns） - 必需的的参考param.U - 纳秒/毫秒转换的因素，“1E6”（硬编码） - 自动 replicateNumber - 发生的自动sampleInfo.sampleName - sampleInfo.groupName - 临床与组样品，用于分类分析 - 可选 的指数sampleInfo.sampleDescription - 其他样本描述 - 可选 sampleInfo.sampleName - 的样品标识符（如果丢失，目录名称是用来作为默认值） - 可选的参考sampleInfo.sampleSource - 实验室采集数据（用户提供的输入参数：ParserParams.dataSource） - 所需的 software.version - 版本的XACQ软件 - 必要的参考spottingInfo.spotProtocol - 激光数据采集过程中的运动百通 - 可选 timeOfFlightData.dateCreated - 数据文件的创建日期（日期邮票上的文件FID） - 自动参考timeOfFlightData.domain - 数据域，“时间”（硬编码） - 自动 timeOfFlightData.encoding的 - 数据编码，“BASE64”（硬编码） - 自动 timeOfFlightData.end - 数据点数量的光谱中 - 所需的 的的timeOfFlightData.offset - 初始值的光谱偏移，在校准过程中，将更新“0.0”（硬编码） - 自动参考timeOfFlightData.pairOrder - 订单的测量对TOF数据，如时间 - 强度，“T-诠释”（硬编码） - 自动参考timeOfFlightData.scale - 线性度系数谱的初始值，对齐过程中发生的更新：“1.0 “（硬编码） - 自动参考timeOfFlightData.start的 - 发病指数的数据采集，硬编码为：”1“ - 自动 

参见----------See Also----------

WMBrukerParser, BrukerParser,ParserParams, ParseAndSave, tofList
WMBrukerParser，BrukerParser，ParserParams，ParseAndSave，tofList

实例----------Examples----------

## To access a value:[＃要访问的值：]

data(tofListMetaDataRun2)

sampleName <- tofListMetaData["Pool 8_1","sampleInfo.sampleName"];

## To update a value [＃要更新的值]

tofListMetaData[ "Pool 8_2", "sampleInfo.sampleDescription" ] <- "Pool";

## To update the tofListMetaData rownames (desirable if default [＃为了更新的tofListMetaData的rownames（理想，如果默认]
## assignments were used due to missing sampleInfo.sampleNames):[＃分配使用。由于缺少sampleInfo.sampleNames）：]

newSpecNames<-list();
numSpec<-dim(tofListMetaData)[1];
for (i in 1:numSpec) { newSpecNames[i]<-paste("spec",i,sep="")};
row.names(tofListMetaData)<-newSpecNames;

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。

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