R语言 WMBrukerParser包 ParseAndSave()函数中文帮助文档(中英文对照)

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ParseAndSave(WMBrukerParser)
ParseAndSave()所属R语言包：WMBrukerParser

                                        Parse and Save Bruker-Ultraflex TOF Mass Spectrometry Data
                                         布鲁克的UltraFlex TOF质谱数据解析和保存

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This routine calls the BrukerParser to parse data from individual or multiple bioprocessor runs.  It provides the option for concatenating data and meta-datastructures for multiple runs.   It saves individual and concatenated tofList and  tofListMetaData files as .Rdat files
此例程调用BrukerParser，来解析数据，单个或多个bioprocessor运行的。它提供了一个选项用于串联的多个运行的数据和元数据结构。它节省了个人和连续tofList的和tofListMetaData文件。RDAT文件


用法----------Usage----------


ParseAndSave(ParserParams)



参数----------Arguments----------

参数：ParserParams
A list of seven parameters which  identify the data to be parsed, and specify whether or not data from multiple bioprocessor runs are to be  concatenated and if memory use information  is to be printed during parsing.  For convenience, it is stored in a file named OptionsAndParameters.txt file which  can be edited and sourced prior to execution of  ParseAndSave. It contains the parameters: dataSource,  multipleRuns, concatLists, runIndices, dataDirLeft, dataDirRight and printMemoryUse
七个参数识别的数据进行解析，并指定是否要连接的数据从多个bioprocessor运行，如果在分析过程中要打印内存使用信息的列表。为方便起见，它被存储在一个文件名为OptionsAndParameters.txt文件，可以编辑和源之前执行ParseAndSave。它包含的参数：数据源，multipleRuns，concatLists，runIndices，dataDirLeft，dataDirRight和printMemoryUse


Details

详细信息----------Details----------

Data directories contain spot directories with names such as 0_A1 or 0_B17.  The code constructs the data directory  paths using ParserParams$dataDirLeft,  ParserParams$runIdices and ParserParams$dataDirRight.  If multiple runs are to be parsed, the  ParserParams$runIdices MUST appear in the paths. The  "run branch" can occur at the level of the data directory or above.  If it occurs at the data directory level,  ParserParams$dataDirRight <- "".  If a single run is to  be parsed, ParserParams$dataDirLeft is assigned the  complete data directory path, ParserParams$runIdices <- 1 and ParserParams$dataDirRight <- "".
数据目录中包含点目录的名字，如0_A1或0_B17。代码构造的数据目录的路径使用ParserParams $ dataDirLeft，ParserParams $ runIdices和ParserParams dataDirRight。如果有多个运行被解析，ParserParams的$ runIdices必须出现在路径上。 “运行分支”，可能会发生在数据目录或以上的水平。如果它出现在数据目录级别，ParserParams $ dataDirRight < - “。如果一个单一的运行是要被解析，ParserParams dataDirLeft分配完整的数据目录路径，ParserParams $ runIdices < -  1和ParserParams dataDirRight“ - ”。

tofListRun#.Rdat and tofListMetaDataRun#.Rdat files are saved in dataDirectory (the directory containing the spot  subdirectories) for "Run#". Concatenated files are saved  in the directory of the final data parsed. For instance if  runs 1, 3, and 2 were selected for concatenation  (ParserParams$runIndices <- c(1,3,2)), the files  tofListCat_1_3_2.Rdat and tofListMetaDataCat_1_3_2.Rdat  would be found in the dataDirectory for the Run 2.
tofListRun RDAT和tofListMetaDataRun＃＃。RDAT文件都保存在使用DataDirectory（当场包含子目录的目录）为“＃”。级联文件保存的目录中最后的数据解析。例如，如果运行1，3，2例为串联（ParserParams runIndices  -  C（1,3,2）），的文件tofListCat_1_3_2.Rdat和tofListMetaDataCat_1_3_2.Rdat会发现在第二次运行使用DataDirectory 。


值----------Value----------

<table summary="R valueblock"> <tr valign="top"><td>tofList </td> <td> A list of time-of-flight mass spectrum vectors addressable by spectrumName.</td></tr> <tr valign="top"><td>tofListMetaData</td> <td> A data.frame containing string values  for experimental meta-data, with rows and columns addres sable by spectrumName and attributeName.</td></tr> </table>
<table summary="R valueblock"> <tr valign="top"> <TD> tofList </ TD> <td>一个列表的飞行时间质谱向量寻址的spectrumName。</ TD > </ TR> <tr valign="top"> <TD> tofListMetaData</ TD> <TD>包含字符串值的实验元数据，数据框的行和列地址黑貂spectrumName和属性名称。</ TD> </ TR> </ TABLE>


警告----------Warning ----------

Since the data files are large, it may not be desirable or possible to concatenate data parsed from all runs in an experiment. The option to print memory usage through the parsing of multiple runs allows the user to consider which files to select for concatenation.  Prior to selecting the option to concatenate data, it would be wise to parse all the data of interest, examine the memory usage throughout  parsing in R and size of the resulting .Rdat files on the  disk, keeping in mind the doubling of memory required for the further processing of this data.
由于数据文件比较大，它可能不希望或不可能连接在实验中所有运行数据解析。打印内存使用的选项，通过多个运行分析，使用户可以考虑选择串联的文件。选择的选项组合来连接数据之前，这将是明智的，所有感兴趣的数据解析，检查内存使用量在整个分析中R和大小的文件在磁盘上生成的。RDAT，牢记所需的内存增加了一倍此数据的进一步处理。


（作者）----------Author(s)----------


Maureen Tracy, College of William and Mary, mbtrac@wm.edu




参见----------See Also----------

WMBrukerParser, BrukerParser, ParserParams, tofList,  tofListMetaData
WMBrukerParser，BrukerParser，ParserParams，tofList，tofListMetaData


实例----------Examples----------


## Example 1: Parse data from single run.[例1：从单次运行的分析数据。]

directory = system.file("Examples", package = "WMBrukerParser")
source(paste(directory,"/OptionsAndParametersParse1Run.txt",sep=""))

ParseAndSave(ParserParams)

## Example 2: Parse and concatenate data from two runs [例2：解析并连接两个运行数据]
## with memory use printed during parsing.[在分析过程中＃打印内存使用。]

directory = system.file("Examples", package = "WMBrukerParser")
source(paste(directory,"/OptionsAndParametersParseAndCat2Runs.txt",sep=""))

ParseAndSave(ParserParams)

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