R语言 ChIPseqR包 windowCounts()函数中文帮助文档(中英文对照)

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windowCounts(ChIPseqR)
windowCounts()所属R语言包：ChIPseqR

                                        Summarize read counts in a sliding window
                                         总结在一个滑动窗口的阅读计数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Read counts are summarized in a sliding window of variable size with variable overlap between windows.
读取计数总结在与窗口之间的变量重叠可变大小的滑动窗口。


用法----------Usage----------


windowCounts(reads, window = 1000, shift = 500, method = sum)



参数----------Arguments----------

参数：reads
Numeric vector of read counts.
读取计数的数值向量。


参数：window
Width of window.
窗口的宽度。


参数：shift
Distance between consecutive window start positions.
连续窗口开始位置之间的距离。


参数：method
Function used to produce a summary for each window. It should accept a single numeric vector as argument.
函数用来产生一个总结，对每个窗口。它应该接受单一数字作为参数向量。


值----------Value----------

If method returns a single value a vector of all window summaries is returned, otherwise the return value is a list with one component for each window.
如果method返回单个值的所有窗口摘要向量返回，否则返回值是与每个窗口的一个组成部分的列表。


作者（S）----------Author(s)----------


Peter Humburg



举例----------Examples----------


## generate some very simple artificial read data[＃产生一些非常简单的人工读取数据。]
set.seed(1)
fwd <- sample(c(50:70, 250:270), 30, replace=TRUE)
rev <- sample(c(197:217, 347:417), 30, replace=TRUE)
## create data.frame with read positions as input to strandPileup[＃创建一个数据框读输入到strandPileup的位置]
reads <- data.frame(chromosome="chr1", position=c(fwd, rev),
        length=25, strand=factor(rep(c("+", "-"), times=c(30, 30))))

## create object of class ReadCounts[＃创建对象类ReadCounts]
readPile <- strandPileup(reads, chrLen=501, extend=1, plot=FALSE, compress=FALSE)

## get number of reads in sliding window[＃在滑动窗口的读取数]
wdwCount <- windowCounts(apply(readPile[[1]], 1, sum), window=10, shift=5)

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。