R语言 ChIPseqR包 strandPileup()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

strandPileup(ChIPseqR)
strandPileup()所属R语言包：ChIPseqR

                                        Strand specific read counts
                                         钢绞线的具体读计数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a set of aligned reads this function computes the number of reads starting at each position in the genome.
鉴于一组对齐的读取这个函数计算的基因组中的每个位置开始读取。


用法----------Usage----------


## S4 method for signature 'AlignedRead'
strandPileup(aligned, chrLen, extend,  coords=c("leftmost", "fiveprime"),
                compress = TRUE, plot = TRUE, ask = FALSE, ...)
## S4 method for signature 'data.frame'
strandPileup(aligned, chrLen, extend, coords=c("leftmost", "fiveprime"),
                compress = TRUE, plot = TRUE, ask = FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：aligned
An object containing information about aligned reads (see Details).
对象对准读取信息（见详情）。


参数：chrLen
A numeric vector giving the length of each chromosome.
一个数字的向量，让每个染色体的长度。


参数：extend
A numeric value indicating how far reads should be extended.
多远读取一个数值，表示应适当延长。


参数：coords
A character value indicating the coordinate system to use.  See coverage for details.
一个字符值，该值指示使用的坐标系统。看到coverage详情。


参数：compress
Logical indicating whether read counts should be compressed.
逻辑表示是否应该压缩读计数。


参数：plot
If this is TRUE (the default) read coverage is plotted for all chromosomes.
如果这是TRUE（默认）读绘制覆盖所有染色体。


参数：ask
Logical. Setting this to TRUE causes the system to wait for user input before displaying a new plot. See devAskNewPage.
逻辑。此设置TRUE导致系统等待用户输入，然后显示一个新的图。看到devAskNewPage。


参数：...
Further arguments to coverage.
coverage进一步的论据。


Details

详情----------Details----------

The method for data.frame requires the column names to follow a strict naming scheme. Required columns are
的data.frame方法列名，需要遵循严格的命名方案。所需的列




"chromosome" A factor with chromosome names.
“染色体”染色体名称的一个因素。




"strand" A factor with levels “-” and “+” indicating which strand the read mapped to.
“链”与水平的一个因素“ - ”和“+”表示链的读映射。




"start" or "position" Start position of read on chromosome.
“开始”或“位置”开始读染色体上的位置。




"end" or "length" End position of read or length of read respectively.
“结束”或“长度”读分别读或长度的结束位置。


值----------Value----------

An object of class ReadCounts.
对象类ReadCounts。


作者（S）----------Author(s)----------


Peter Humburg



参见----------See Also----------

coverage, AlignedRead,
coverage，AlignedRead


举例----------Examples----------


        ## generate some very simple artificial read data[＃产生一些非常简单的人工读取数据。]
        set.seed(1)
        fwd <- sample(c(50:70, 250:270), 30, replace=TRUE)
        rev <- sample(c(197:217, 347:417), 30, replace=TRUE)
        ## create data.frame with read positions as input to strandPileup[＃创建一个数据框读输入到strandPileup的位置]
        reads <- data.frame(chromosome="chr1", position=c(fwd, rev),
                length=25, strand=factor(rep(c("+", "-"), times=c(30, 30))))
       
        readPile <- strandPileup(reads, chrLen=500, extend=1, plot=FALSE)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。