plotColorUnderTree(WGCNA)
plotColorUnderTree()所属R语言包：WGCNA
Plot color rows under a dendrogram
下一个树状图的绘制色行
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Plot color rows encoding information about objects in a clustering dendrogram, usually below the dendrogram.
图色行编码信息的聚类树状图中的对象，通常在下面的树状图。
用法----------Usage----------
plotColorUnderTree(
dendro,
colors,
rowLabels = NULL,
rowWidths = NULL,
rowText = NULL,
textPositions = NULL,
addTextGuide = TRUE,
cex.rowLabels = 1,
cex.rowText = 0.8,
...)
参数----------Arguments----------
参数：dendro
A dendrogram such as returned by hclust.
返回hclust进行的聚类分析等。
参数：colors
Coloring of objects on the dendrogram. Either a vector (one color per object) or a matrix (can also be an array or a data frame) with each column giving one color per object. Each column will be plotted as a horizontal row of colors under the dendrogram.
着色聚类分析的对象。无论是矢量（每个对象的一种颜色）或与给每个对象的一种颜色的每列的矩阵（也可以是一个阵列或一个数据框）。每一列将被绘制根据树状图的颜色作为一个水平行。
参数：rowLabels
Labels for the colorings given in colors. The labels will be printed to the left of the color rows in the plot. If the argument is given, it must be a vector of length equal to the number of columns in colors. If not given, names(colors) will be used if available. If not, sequential numbers starting from 1 will be used.
标签的色素在colors。标签将被打印到的颜色的左侧列中的图。如果该参数被给定的，它必须是在colors的列数的长度等于一个向量。如果没有给出，names(colors)将（如果可用）。如果不是，从1开始的连续数字将被使用。
参数：rowWidths
optional specification of relative row widths for the color and text (if given) rows. Need not sum to 1.
相对的颜色和文本（如果有）行行距可选规格。需要不等于1。
参数：rowText
Optional labels to identify colors in the color rows. If given, must be of the same dimensions as colors. Each label that occurs will be displayed once.
可选的标签，标识的颜色行的颜色。如果给出，则必须是相同的尺寸，colors。发生的每个标签，将被显示一次。
参数：textPositions
optional numeric vector of the same length as the number of columns in rowText giving the color rows under which the text rows should appear.
可选的数字中的列数相同的长度的矢量rowText给予的颜色根据该行的文本行应该出现。
参数：addTextGuide
logical: should guide lines be added for the text rows (if given)?
逻辑：应引导线添加文本行（如果有）？
参数：cex.rowLabels
Font size scale factor for the row labels. See par.
行标签的字体大小规模因素。见par。
参数：cex.rowText
character expansion factor for text rows (if given).
文本行的字符膨胀系数（如果有）。
参数：...
Other parameters to be passed on to the plotting method (such as main for the main title etc).
其他参数被传递到绘图方法（如main主标题等）。
Details
详细信息----------Details----------
It is often useful to plot dendrograms of objects together with additional information about the objects, for example module assignment (by color) that was obtained by cutting a hierarchical dendrogram or external color-coded measures such as gene significance. This function provides a way to do so. The calling code should section the screen into two (or more) parts, plot the dendrogram (via plot(hclust)) in the upper section and use this function to plot color annotation in the order corresponding to the dendrogram in the lower section.
它是非常有用的绘制树状图的对象与其他对象的信息，例如模块分配（彩色），获得通过切割层次的树状图或外部颜色编码的措施，如基因意义。此功能提供了一种方法，这样做。调用代码部分在屏幕上为两个（或更多）的部分，画出树状图（通过plot(hclust)）的上半部分，使用此功能来绘制颜色标注的顺序对应的树状图的下半部分。
值----------Value----------
None.
无。
注意----------Note----------
This function is identical to the function plotHclustColors in package moduleColor.
此功能是相同的功能plotHclustColors套件moduleColor。
（作者）----------Author(s)----------
Steve Horvath <a href="mailto:SHorvath@mednet.ucla.edu">SHorvath@mednet.ucla.edu</a> and Peter Langfelder <a href="mailto eter.Langfelder@gmail.com"> eter.Langfelder@gmail.com</a>
参见----------See Also----------
cutreeDynamic for module detection in a dendrogram;
cutreeDynamic在一个树状的模块检测;
plotDendroAndColors for automated plotting of dendrograms and colors in one step.
plotDendroAndColors自动绘制树状图和颜色一步到位。
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注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
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发表于 2012-10-1 21:21:20
