goodGenes(WGCNA)
goodGenes()所属R语言包：WGCNA
Filter genes with too many missing entries
有太多的遗漏的项目筛选基因
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function checks data for missing entries and returns a list of genes that have non-zero variance and pass two criteria on maximum number of missing values: the fraction of missing values must be below a given threshold and the total number of missing samples must be below a given threshold.
此功能的数据进行检查，缺少的条目，并返回一个非零方差的基因，并通过两个标准缺失值的最大数量的遗漏值的比例必须低于给定的阈值和丢失的样本总数必须低于一个给定的阈值。
用法----------Usage----------
goodGenes(datExpr,
useSamples = NULL,
useGenes = NULL,
minFraction = 1/2,
minNSamples = ..minNSamples,
minNGenes = ..minNGenes,
verbose = 1, indent = 0)
参数----------Arguments----------
参数：datExpr
expression data. A data frame in which columns are genes and rows ar samples.
表达数据。一个数据框的基因，在哪些列和行AR样本。
参数：useSamples
optional specifications of which samples to use for the check. Should be a logical vector; samples whose entries are FALSE will be ignored for the missing value counts. Defaults to using all samples.
可选规格的样品使用的检查。应该是一个逻辑向量;样品的条目是FALSE将被忽略遗漏值数。默认使用所有样品。
参数：useGenes
optional specifications of genes for which to perform the check. Should be a logical vector; genes whose entries are FALSE will be ignored. Defaults to using all genes.
执行检查的基因，这些基因的规格选择。应该是一个逻辑向量;基因，其项目是FALSE将被忽略。默认使用所有的基因。
参数：minFraction
minimum fraction of non-missing samples for a gene to be considered good.
非缺失的基因要考虑好样的最低分数。
参数：minNSamples
minimum number of non-missing samples for a gene to be considered good.
被视为良好的基因非缺失样本的最小数目。
参数：minNGenes
minimum number of good genes for the data set to be considered fit for analysis. If the actual number of good genes falls below this threshold, an error will be issued.
良好的数据集被认为是合适的分析基因的最小数目。如果实际的优良基因数目低于此阈值时，会发出错误。
参数：verbose
integer level of verbosity. Zero means silent, higher values make the output progressively more and more verbose.
整数的详细程度。零表示沉默，较高的值使输出越来越多，更详细。
参数：indent
indentation for diagnostic messages. Zero means no indentation, each unit adds two spaces.
缩进诊断消息。零表示无压痕，每个单元增加两个空格。
Details
详细信息----------Details----------
The constants ..minNSamples and ..minNGenes are both set to the value 4. For most data sets, the fraction of missing samples criterion will be much more stringent than the absolute number of missing samples criterion.
的常量..minNSamples和..minNGenes都设置为值4。对于大多数数据集，丢失的样本标准的分数比绝对数量，丢失的样本标准将更加严格。
值----------Value----------
A logical vector with one entry per gene that is TRUE if the gene is considered good and FALSE otherwise. Note that all genes excluded by useGenes are automatically assigned FALSE.
与每一个条目的基因，是一个逻辑矢量TRUE，如果基因被认为是好，FALSE否则。请注意，所有排除的useGenes的基因自动分配FALSE。
（作者）----------Author(s)----------
Peter Langfelder and Steve Horvath
参见----------See Also----------
goodSamples, goodSamplesGenes
goodSamples，goodSamplesGenes
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注：
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发表于 2012-10-1 21:13:37
