correlationPreservation(WGCNA)
correlationPreservation()所属R语言包:WGCNA
Preservation of eigengene correlations
保存eigengene的相关性
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Calculates a summary measure of preservation of eigengene correlations across data sets
计算的汇总数据集之间的eigengene相关的保护措施
用法----------Usage----------
correlationPreservation(multiME, setLabels, excludeGrey = TRUE, greyLabel = "grey")
参数----------Arguments----------
参数:multiME
consensus module eigengenes in a multi-set format. A vector of lists with one list corresponding to each set. Each list must contain a component data that is a data frame whose columns are consensus module eigengenes.
共识模块中的多组的格式的特征基因。一个列表,对应于各组的向量列表。每个列表都必须包含data这是一个数据框的列共识模块特征基因的一个组成部分。
参数:setLabels
names to be used for the sets represented in multiME.
名称被用于在multiME表示的集。
参数:excludeGrey
logical: exclude the 'grey' eigengene from preservation measure?
逻辑:排除“灰色”eigengene的保全措施?
参数:greyLabel
module label corresponding to the 'grey' module. Usually this will be the character string "grey" if the labels are colors, and the number 0 if the labels are numeric.
模块标签对应的“灰色”模块。通常这将是字符串"grey",如果标签的颜色和数字0,如果标签数字。
Details
详细信息----------Details----------
The function calculates the preservation of correlation of each eigengene with all other eigengenes (optionally except the 'grey' eigengene) in all pairs of sets.
该函数计算的的每个eigengene相关,与所有其他特征基因(可选除的“灰色”eigengene的外)在所有双套保护。
值----------Value----------
A data frame whose rows correspond to consensus module eigengenes given in the input multiME, and columns correspond to all possible set comparisons. The two sets compared in each column are indicated in the column name.
一个数据框的行对应的共识模块特征基因输入multiME,列对应于所有可能的比较。两组相比,在每一列的列名中表示。
(作者)----------Author(s)----------
Peter Langfelder
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
multiSetMEs and modulecheckSets in package moduleColor for
multiSetMEs模块checkSets在包moduleColor中
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