R语言 ChIPpeakAnno包 summarizePatternInPeaks()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

summarizePatternInPeaks(ChIPpeakAnno)
summarizePatternInPeaks()所属R语言包：ChIPpeakAnno

                                         Output a summary of the occurrence of each pattern in the sequences.
                                         输出的每个序列模式发生的摘要。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Output a summary of the occurrence of each pattern in the sequences.
输出的每个序列模式发生的摘要。


用法----------Usage----------


summarizePatternInPeaks(patternFilePath, format = "fasta",skip=0L, BSgenomeName, peaks, outfile, append = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：patternFilePath
A character vector containing the path to the file to read the patterns from.  
一个包含文件的路径，从阅读模式的特征向量。


参数：format
Either "fasta" (the default) or "fastq"  
无论是“FASTA”（默认）或“fastq”


参数：skip
Single non-negative integer. The number of records of the pattern file to skip before beginning to read in records.  
一个非负整数。跳过前开始阅读记录模式文件的记录数。


参数：BSgenomeName
BSgenome object. Please refer to available.genomes in BSgenome package for details  
BSgenome对象。有关详细信息，请参阅在BSgenome包available.genomes


参数：peaks
RangedData containing the peaks  
RangedData含峰


参数：outfile
A character vector containing the path to the file to write the summary output.  
一个特征向量，包含文件的路径写总结输出。


参数：append
TRUE or FALSE, default FALSE  
TRUE或FALSE，默认为FALSE


值----------Value----------

A data frame with 3 columns as n.peaksWithPattern (number of peaks with the pattern),  n.totalPeaks (total number of peaks in the input) and Pattern (the corresponding pattern).
与n.peaksWithPattern（图案峰数），n.totalPeaks（输入总数峰的）和模式（相应的模式）3列的数据框。


作者（S）----------Author(s)----------



Lihua Julie Zhu




举例----------Examples----------


        peaks = RangedData(IRanges(start=c(100, 500), end=c(300, 600), names=c("peak1", "peak2")), space=c("NC_008253", "NC_010468"))
        filepath =system.file("extdata", "examplePattern.fa", package="ChIPpeakAnno")
        library(BSgenome.Ecoli.NCBI.20080805)
        summarizePatternInPeaks(patternFilePath=filepath, format="fasta", skip=0L, BSgenomeName=Ecoli, peaks=peaks)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。