R语言 ChIPpeakAnno包 findVennCounts()函数中文帮助文档(中英文对照)

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findVennCounts(ChIPpeakAnno)
findVennCounts()所属R语言包：ChIPpeakAnno

                                         Obtain Venn Counts for Venn Diagram, internal function for makeVennDigram
                                         维恩计数获取Venn图makeVennDigram的内部功能

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Obtain Venn Counts for two peak ranges using chromosome ranges or feature field, internal function for makeVennDigram
维恩计数获得两个高峰染色体范围或功能领域，为makeVennDigram内部功能的使用范围


用法----------Usage----------


findVennCounts(Peaks, NameOfPeaks, maxgap = 0, totalTest, useFeature=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：Peaks
RangedDataList: See example below.
RangedDataList：参见下面的例子。


参数：NameOfPeaks
Character vector to specify the name of Peaks, e.g., c("TF1", "TF2"), this will be used as label in the Venn Diagram.  
特征向量指定峰的名称，例如，c（“TF1电视台”，“位TF2”），这将被用来作为标签的维恩图。


参数：maxgap
Non-negative integer. Intervals with a separation of maxgap or less are considered to be overlapping.  
非负整数。考虑重叠分离的maxgap或更少的时间间隔。


参数：totalTest
Numeric value to specify the total number of tests performed to obtain the list of peaks.  
指定进行测试，获得峰列表总数的数值。


参数：useFeature
TRUE or FALSE, default FALSE, true means using feature field in the RangedData for calculating overlap, false means using chromosome range for calculating overlap.  
TRUE或FALSE，默认为FALSE，在RangedData使用功能重叠，使用虚假手段计算重叠的染色体范围计算领域真正手段。


值----------Value----------


参数：p.value
hypergeometric testing result
超几何测试结果


参数：vennCounts
vennCounts objects containing counts for Venn Diagram generation, see details in limma package vennCounts
Venn图生成的罪名vennCounts对象，见limma包细节vennCounts的


注意----------Note----------

if (interactive())  peaks1 = RangedData(IRanges(start = c(967654, 2010897, 2496704), end = c(967754, 2010997, 2496804), names = c("Site1", "Site2", "Site3")), space = c("1", "2", "3"), strand=as.integer(1), feature=c("a","b", "c")) peaks2 = RangedData(IRanges(start = c(967659, 2010898,  2496700, 3075866, 3123260), end = c(967869, 2011108, 2496920, 3076166, 3123470), names = c("t1", "t2", "t3", "t4", "t5")), space = c("1", "2", "3", "1", "2"), strand = c(1, 1, -1,-1,1), feature=c("a","c","d","e", "a")) findVennCounts(RangedDataList(peaks1,peaks2), NameOfPeaks=c("TF1", "TF2"), maxgap=0,totalTest=100, useFeature=FALSE) findVennCounts(RangedDataList(peaks1,peaks2), NameOfPeaks=c("TF1", "TF2"), maxgap=0,totalTest=100, useFeature=TRUE)
如果（交互式）peaks1 = RangedData（IRanges（开始= C（967654，2010897，2496704），结束= C（967754，2010997，2496804），名称= C（“SITE1”，“SITE2”，“ site3“）），空间= C（”1“，”2“，”3“），股= as.integer（1），功能= C（”A“，”B“，” C“））peaks2 = RangedData（IRanges（开始= C（967659，2010898，2496700，3075866，3123260），结束= C（967869，2011108，2496920，3076166，3123470），名称= C（”T1“，” T2“，”T3“，”T4“，”T5“）），空间= C（”1“，”2“，”3“，”1“，”2“） ，钢绞线= C功能=（1，1，-1，-1,1），C（“”，“C”，“D”，“E”，“A”））findVennCounts（ RangedDataList（peaks1，peaks2），NameOfPeaks = C（“TF1电视台”，“位TF2”），maxgap = 0，totalTest = 100，useFeature = FALSE）findVennCounts（RangedDataList（peaks1，peaks2），NameOfPeaks = C（“TF1电视台” ，“位TF2”），maxgap = 0 totalTest = 100，useFeature = TRUE时）


作者（S）----------Author(s)----------



Lihua Julie Zhu




参见----------See Also----------

makeVennDiagram
makeVennDiagram

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注：
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