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R语言 ChIPpeakAnno包 ExonPlusUtr.human.GRCh37()函数中文帮助文档(中英文对照)

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发表于 2012-2-25 14:48:21 | 显示全部楼层 |阅读模式
ExonPlusUtr.human.GRCh37(ChIPpeakAnno)
ExonPlusUtr.human.GRCh37()所属R语言包:ChIPpeakAnno

                                         Gene model with exon, 5' UTR and 3' UTR information for human sapiens (GRCh37) obtained from biomaRt
                                         从biomaRt获得的基因外显子,5非编码区和3UTR区人类智人信息(GRCh37)模型

                                         译者:生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Gene model with exon, 5' UTR and 3' UTR information for human sapiens (GRCh37) obtained from biomaRt
从biomaRt获得的基因外显子,5非编码区和3UTR区人类智人信息(GRCh37)模型


用法----------Usage----------


data(ExonPlusUtr.human.GRCh37)



格式----------Format----------

RangedData with slot start holding the start position of the exon, slot end holding the end position of the exon, slot rownames holding ensembl transcript id and slot space holding the chromosome location where the gene is located. In addition, the following variables are included.
与插槽RangedData开始持有的外显子的起始位置,槽年底持有的外显子的末端位置,槽rownames控股ENSEMBL成绩单ID和插槽空间,持有该基因位于染色体上的位置。此外,包括下列变量。




strand 1 for positive strand and -1 for negative strand
strand1正股负链-1




description description of the transcript
description描述谈话




ensembl_gene_id gene id
ensembl_gene_id基因身份证




utr5start 5' UTR start
utr5start5非编码区启动




utr5end 5' UTR end
utr5end5非编码区结束




utr3start 3' UTR start
utr3start3UTR区启动




utr3end 3' UTR end
utr3end3UTR区结束


Details

详情----------Details----------

used in the examples Annotation data obtained by: mart = useMart(biomart = "ensembl", dataset = "hsapiens_gene_ensembl") ExonPlusUtr.human.GRCh37 = getAnnotation(mart=human, featureType="ExonPlusUtr")
使用的例子诠释得到的数据:集市=“ENSEMBL”,集=“hsapiens_gene_ensembl = useMart(biomart”)ExonPlusUtr.human.GRCh37 = getAnnotation(集市=人力,featureType =“ExonPlusUtr”)


举例----------Examples----------


data(ExonPlusUtr.human.GRCh37)
slotNames(ExonPlusUtr.human.GRCh37)

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
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