R语言 ChIPpeakAnno包 countPatternInSeqs()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

countPatternInSeqs(ChIPpeakAnno)
countPatternInSeqs()所属R语言包：ChIPpeakAnno

                                         Output total number of patterns found in the input sequences
                                         在输入序列中模式输出总人数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Output total number of patterns found in the input sequences
在输入序列中模式输出总人数


用法----------Usage----------


countPatternInSeqs(pattern, sequences)



参数----------Arguments----------

参数：pattern
DNAstringSet object  
DNAstringSet对象


参数：sequences
a vector of sequences  
一个序列向量


值----------Value----------

Total number of occurrence of the pattern in the sequences
在序列模式发生总数


作者（S）----------Author(s)----------



Lihua Julie Zhu




参见----------See Also----------

summarizePatternInPeaks, translatePattern
summarizePatternInPeaks，translatePattern


举例----------Examples----------


        filepath = system.file("extdata", "examplePattern.fa", package="ChIPpeakAnno")
        dict = read.DNAStringSet(filepath = filepath, format="fasta", use.names=TRUE)
        sequences = c("ACTGGGGGGGGCCTGGGCCCCCAAAT", "AAAAAACCCCTTTTGGCCATCCCGGGACGGGCCCAT", "ATCGAAAATTTCC")
        countPatternInSeqs(pattern=dict[1], sequences=sequences)
        countPatternInSeqs(pattern=dict[2], sequences=sequences)
        pattern = DNAStringSet("ATNGMAA")
        countPatternInSeqs(pattern=pattern, sequences=sequences)

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
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