BED2RangedData(ChIPpeakAnno)
BED2RangedData()所属R语言包：ChIPpeakAnno
convert BED format to RangedData
床格式转换到RangedData
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
convert BED format to RangedData
床格式转换到RangedData
用法----------Usage----------
BED2RangedData(data.BED,header=FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：data.BED
BED format data frame, please refer to http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat#format1 for details
床格式的数据框，详情请参阅http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat＃格式1
参数：header
TRUE or FALSE, default to FALSE, indicates whether data.BED file has BED header
TRUE或FALSE，默认为false，表示是否data.BED文件有床头
值----------Value----------
RangedData with slot start holding the start position of the feature, slot end holding the end position of the feature, slot names holding the id of the feature, slot space holding the chromosome location where the feature is located. In addition, the following variables are included.
与插槽RangedData开始持有的起始位置的功能，槽年底结束位置的功能，插槽名称持有ID的功能，插槽空间，持有该功能位于染色体上的位置。此外，包括下列变量。
参数：<code>strand</code>
1 for positive strand and -1 for negative strand where the feature is located. Default to 1 if not present in the BED formated data frame
正链和负链的功能位于-1 1。默认为1，如果不是在床上格式的数据框
注意----------Note----------
For converting the peakList in BED format to RangedData before calling annotatePeakInBatch function
在床上格式转换的peakList调用annotatePeakInBatch功能之前RangedData
作者（S）----------Author(s)----------
Lihua Julie Zhu
举例----------Examples----------
test.bed = data.frame(cbind(chrom = c("1", "2"), chromStart=c("100", "1000"),
chromEnd=c("200", "1100"), name=c("peak1", "peak2")))
test.rangedData = BED2RangedData(test.bed)
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
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发表于 2012-2-25 14:47:43
