R语言 ChIPpeakAnno包 addGeneIDs()函数中文帮助文档(中英文对照)

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addGeneIDs(ChIPpeakAnno)
addGeneIDs()所属R语言包：ChIPpeakAnno

                                         Add common IDs to annotated peaks such as gene symbol, entrez ID, ensemble gene id and refseq id.
                                         加入共同标识，如Entrez的编号，合奏基因ID和ID的RefSeq基因符号，注释峰。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Add common IDs to annotated peaks such as gene symbol, entrez ID, ensemble gene id and refseq id leveraging organism annotation dataset! For example, org.Hs.eg.db is the dataset from orgs.Hs.eg.db package for human, while org.Mm.eg.db is the dataset from the org.Mm.eg.db package for mouse
加入共同标识，如基因符号注明峰，Entrez的编号，合奏基因ID和ID的RefSeq利用生物体的注解集！例如，org.Hs.eg.db是人类orgs.Hs.eg.db包装集，而org.Mm.eg.db是集从鼠标org.Mm.eg.db包


用法----------Usage----------


addGeneIDs(annotatedPeak, orgAnn, IDs2Add=c("symbol"), feature_id_type="ensembl_gene_id",silence=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：annotatedPeak
RangedData such as data(annotatedPeak) or a vector of feature IDs
RangedData如数据（annotatedPeak）或向量的功能ID


参数：orgAnn
organism annotation dataset such as org.Hs.eg.db
有机体，如org.Hs.eg.db注释集


参数：IDs2Add
a vector of annotation identifiers to be added such as accnum, ensembl, ensemblprot, ensembltrans, entrez_id, enzyme, genename, pfam, pmid, prosite, refseq, symbol, unigene, and uniprot.
如accnum，ENSEMBL，ensemblprot，ensembltrans，entrez_id，酶，genename，PFAM，关键词，PROSITE的RefSeq，符号，UniGene的，uniprot添加注释标识符的向量。


参数：feature_id_type
type of ID: can be ensemble_gene_id, entrez_id, gene_symbol, gene_alias or refseq_id
ID类型：可以ensemble_gene_id，entrez_id，gene_symbol，gene_alias或refseq_id


参数：silence
TRUE or FALSE. If TRUE, will not show unmapped entrez id for feature ids.
TRUE或FALSE。如果属实，将不显示映射，Entrez的功能ID ID。


Details

详情----------Details----------

Parameter IDs2Add can be set to any combination of identifiers such as "accnum","ensembl","ensemblprot","ensembltrans","entrez_id","enzyme","genename","pfam","pmid","prosite","refseq","symbol","unigene" and "uniprot". Some IDs are unique to a organism, such as "omim" for org.Hs.eg.db and "mgi" for org.Mm.eg.db.
可设置任何标识，如组合参数IDs2Add和“uniprot”。有些ID是唯一的一个有机体，如“OMIM”为org.Hs.eg.db和“MGI”为org.Mm.eg.db.

Here is the definition of different IDs :
下面是不同的ID的定义：

accnum: GenBank accession numbers
accnum：GenBank登录号

ensembl: Ensembl gene accession numbers
ENSEMBL：Ensembl人类基因加入数字

ensemblprot: Ensembl protein accession numbers
ensemblprot：Ensembl的蛋白加入号码

ensembltrans: Ensembl transcript accession numbers
ensembltrans：Ensembl的成绩单加入数字

entrez_id: entrez gene identifiers
entrez_id：Entrez基因标识符

enzyme: EC numbers
酶：EC编号

genename: gene name
genename：基因名称

pfam: Pfam identifiers
PFAM：PFAM标识符

pmid: PubMed identifiers
关键词：医学标识符

prosite: PROSITE identifiers
PROSITE：PROSITE标识符

refseq: RefSeq identifiers
的RefSeq：标识符的RefSeq

symbol: gene abbreviations
符号：基因缩写

unigene: UniGene cluster identifiers
UniGene的：UniGene的聚类标识符

uniprot: Uniprot accession numbers
uniprot：Uniprot加入数字

omim: OMIM(Mendelian Inheritance in Man) identifiers
OMIM：OMIM（孟德尔在男子继承）标识符

mgi: Jackson Laboratory MGI gene accession numbers
MGI：杰克逊实验室麦肯锡基因加入数字


值----------Value----------

RangedData if the input is a RangedData or dataframe with added IDs if input is a character vector.
如果RangedData输入是RangedData或添加标识dataframe，如果输入的是一个特征向量。


作者（S）----------Author(s)----------



Jianhong Ou, Lihua Julie Zhu




参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


data(annotatedPeak)
library(org.Hs.eg.db)
addGeneIDs(annotatedPeak[1:6,],"org.Hs.eg.db",c("symbol","omim"))
addGeneIDs(annotatedPeak$feature[1:6],"org.Hs.eg.db",c("symbol","genename"))

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