R语言 ChemmineR包 cmp.parse1()函数中文帮助文档(中英文对照)

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cmp.parse1(ChemmineR)
cmp.parse1()所属R语言包：ChemmineR

                                        Parsing an SDF file and calculate the descriptor for one compound
                                         SDF文件解析和计算描述为一个复合

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Read SDF information from an SDF file or connection, parse the first compound, and calculate the descriptor for that compound. The returned descriptor can be added to database returned by 'cmp.parse' or be used as the query structure when calling 'search'. This function will only parse one compound and return only the descriptor. To parse all compounds in an SDF file, use 'cmp.parse'.
阅读自卫队从SDF文件或连接的信息，分析的第一个化合物，并计算出该化合物的描述。返回的描述符可以被添加到数据库“cmp.parse”或调用时使用的“搜索”查询结构返回。此功能将只分析一种化合物，只返回描述。在SDF文件来解析所有的化合物，使用cmp.parse“。


用法----------Usage----------


cmp.parse1(filename)



参数----------Arguments----------

参数：filename
The file name of the SDF file or a URL or a connection.
SDF文件或URL或连接的文件名。


Details

详情----------Details----------

'cmp.parse1' can take a file name or a URL or a connection. When a connection is used, the current line must be the first line of SDF of the compound to be parsed. 'cmp.parse1'  will skip the header and parse from the 4th line. Therefore, the compound ID information will be skipped. After the parsing is done, if 'filename' is a connection, it will then point to the line after the connection table of SDF. You can use some other procedure to parse the annotation block.
“cmp.parse1可以采取一个文件名或URL或连接。使用一个连接时，当前行必须是化合物自卫队第一线进行解析。 “cmp.parse1”将跳过从4号线的头和解析。因此，复合ID信息将被跳过。解析完成后，如果filename是一个连接，然后将指向到的线路后自卫队连接表。你可以使用一些其他的程序来解析的注释块。


值----------Value----------

Return the descriptor, which is encoded as a vector.
返回的描述，这是作为一个向量编码。


作者（S）----------Author(s)----------


Y. Eddie Cao, Li-Chang Cheng



参考文献----------References----------

in 2D fragment-based similarity searching: comparison of structural descriptors

参见----------See Also----------

cmp.parse, cmp.search, cmp.cluster,
cmp.parse，cmp.search，cmp.cluster


举例----------Examples----------


# load an SDF file from web and parse it[从网页加载SDF文件，并解析]
## Not run: structure &lt;- cmp.parse1("http://bioweb.ucr.edu/ChemMineV2/compound/Aurora/b32:NNQS2MBRHAZTI===/sdf")[＃无法运行结构< -  cmp.parse1（“http://bioweb.ucr.edu/ChemMineV2/compound/Aurora/b32:NNQS2MBRHAZTI===/sdf”的）]

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