R语言 ChemmineR包 apset2descdb()函数中文帮助文档(中英文对照)

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apset2descdb(ChemmineR)
apset2descdb()所属R语言包：ChemmineR

                                         APset to list-style AP database
                                         APset以列表样式AP数据库

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Coerces APset to old list-style descriptor database used by search/cluster functions.
胁迫APset搜索/聚类功能使用旧的列表式描述数据库。


用法----------Usage----------


apset2descdb(apset)



参数----------Arguments----------

参数：apset
Object of class apset  
对象类apset


Details

详情----------Details----------

...
...


值----------Value----------


参数：list
with following components  
以下组件


参数：descdb
list of atom pair sets  
原子对集列表


参数：cids
compound IDs  
化合物的ID


参数：sdfsegs
start/end coordinates for each molecule in SD file; only populated when cmp.parse is used for import  
开始/结束只填充时cmp.parse进口SD文件中的每个分子的坐标;


参数：source
path/name of SD file  
SD文件的路径/名称


参数：type
import method  
导入方法


作者（S）----------Author(s)----------



Thomas Girke




参考文献----------References----------

in 2D fragment-based similarity searching: comparison of structural descriptors and similarity coefficients", J Chem Inf Comput Sci.

参见----------See Also----------

Functions: SDF2apcmp, sdf2ap, cmp.search, cmp.similarity
功能：SDF2apcmp，sdf2ap，cmp.search，cmp.similarity


举例----------Examples----------


## Instance of SDFset class[＃SDFset类的实例]
data(sdfsample)
sdfset <- sdfsample[1:50]
sdf <- sdfsample[[1]]

## Compute atom pair library[＃计算原子对库]
ap <- sdf2ap(sdf)
(apset <- sdf2ap(sdfset))
view(apset[1:4])

## Return main components of APset object[＃返回的APset对象的主要组成部分]
cid(apset[1:4]) # compound IDs[化合物的ID]
ap(apset[1:4]) # atom pair descriptors[原子对描述]

## Return atom pairs in human readable format[＃返回原子对人类可读的格式]
db.explain(apset[1])

## Coerce APset to other objects [＃强迫APset其他对象]
apset2descdb(apset) # returns old list-style AP database[返回旧的列表式AP数据库]
tmp &lt;- as(apset, "list") # returns list[返回列表]
as(tmp, "APset") # converst list back to APset[converst列表回APset]

## Compound similarity searching with APset[＃复合相似与APset搜索]
cmp.search(apset, apset[1], type=3, cutoff=0.2)
plot(sdfset[names(cmp.search(apset, apset[6], type=2, cutoff=0.4))])

## Identify compounds with identical AP sets [＃确定化合物具有相同的AP设置]
cmp.duplicated(apset, type=2)

## Structure similarity clustering [＃结构的相似性聚类]
cmp.cluster(db=apset, cutoff = c(0.65, 0.5))[1:20,]

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