R语言 charm包 methp()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

methp(charm)
methp()所属R语言包：charm

                                         Estimate DNA methylation
                                         估计DNA甲基化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Estimate DNA methylation from McrBC/CHARM microarray data in terms of log-ratios or percentages.
估计从McrBC /魅力芯片log比率或百分比数据，DNA甲基化。


用法----------Usage----------


methp(dat, spatial = TRUE, bgSubtract = TRUE, withinSampleNorm = "loess",
        scale = c(0.99, 0.99), betweenSampleNorm = "quantile",
        controlProbes = c("CONTROL_PROBES", "CONTROL_REGIONS"),
        controlIndex = NULL, excludeIndex = NULL,
        commonMethPercentParams = NULL,
        verbose = TRUE, returnM = FALSE,
        plotDensity = NULL, plotDensityGroups = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：dat
a TilingFeatureSet object  
1 TilingFeatureSet对象


参数：spatial
boolean indicating whether to correct spatial artefacts  
布尔值，指示是否纠正空间文物


参数：bgSubtract
boolean indicating whether to estimate and remove background signal before computing log-ratios  
布尔值，指示是否估计和删除log比之前计算的背景信号


参数：withinSampleNorm
within-sample normalization method. Choices are "loess" and "none". "loess" uses the control-probe loess procedure described in Aryee et al., 2001 (PMID: 20858772).  
内样本归一化法。选择是“黄土”和“无”。 “黄土”使用Aryee等控制探针黄土程序，2001年（结论：20858772）。


参数：scale
a numeric vector (x,y). The xth percentile of each sample is scaled to represent y% methylation. The default c(0.99, 0.99) means probes in the 99% percentile represent 99% methylation.   
一个数值向量（X，Y）。每个样品的第十届百分缩放代表同期甲基化。默认的C（0.99，0.99），是指探针在99％百分位代表99％的甲基化。


参数：betweenSampleNorm
between-sample normalization method. Choices are "quantile", "sqn", and "none". See Details for more fine-grained control.  
之间的样本归一化法。选择有“分量”，“中队”，“无”。详见更细粒度的控制。


参数：controlProbes
character string of the label assigned to non-CpG control probes in the annotation file (i.e. the container column of the .ndf file).  
分配给非的CpG控制探针在注释文件（即货柜列。NDF文件）的标签的字符串。


参数：controlIndex
a vector of non-CpG control probe indices  
一个非CPG控制探针指数的向量


参数：excludeIndex
a vector of probe indices indicating which pm probes to ignore when creating normalization target distributions.  
指示建立标准化的目标分配时忽略它时探针的探针指数向量。


参数：commonMethPercentParams
boolean indicating whether a common set of parameters should be used for all samples when converting M-values to percentage methylation.  
布尔值，指示是否一套通用的参数应为所有样品转换m值的百分比甲基化时使用。


参数：verbose
boolean: Verbose output?  
布尔：详细输出？


参数：returnM
boolean. Return M-values without converting to percentage methylation estimates  
布尔值。退还转换百分比甲基估计的m值


参数：plotDensity
if specified this is the filename of the pdf diagnostic density plots.  
如果指定的话，这是PDF诊断密度图的文件名。


参数：plotDensityGroups
numeric vector of group labels used to color lines in the diagnostic density plots (see plotDensity option)  
数字矢量用于诊断的密度图颜色的线条组标签（见plotDensity选项）


Details

详情----------Details----------

This function provides probe-level estimates of percentage DNA methylation from CHARM microarray data.
此功能提供了百分比DNA甲基化的探针水平估计从魅力芯片数据。


值----------Value----------

A matrix of probe-level percentage methylation estimates, one column per sample.
一个探针水平的百分比甲基估计矩阵，每个样品的一列。


作者（S）----------Author(s)----------



Martin Aryee <aryee@jhu.edu>




参见----------See Also----------

readCharm
readCharm


举例----------Examples----------


# See dmrFdr[看到dmrFdr]

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