R语言 charm包 dmrPlot()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

dmrPlot(charm)
dmrPlot()所属R语言包：charm

                                         Plot differentially methylated regions (DMRs)
                                         图差异甲基化区域（DMRs）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plot differentially methylated regions (DMRs) from tiling microarray data.
图差异甲基化从平铺芯片数据区域（DMRs）。


用法----------Usage----------


dmrPlot(dmr, which.table=1:length(dmr$tabs), which.plot=1:30, legend.size=1, all.lines=TRUE, all.points=FALSE, colors.l, colors.p, outpath=".", plot.p=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：dmr
a list object as returned by dmrFinder.  
作为由dmrFinder返回一个列表对象。


参数：which.table
a vector of indices identifying which tables in the dmr list to plot regions from.  
确定DMR列表中的表，绘制从区域指标向量。


参数：which.plot
a vector of indices identifying which regions (rows) from each table to plot.  
确定哪些区域从每个表（行）绘制指数向量。


参数：legend.size
cex argument for the legend (factor by which to magnify/shrink the legend).  
CEX参数（放大/缩小的传说因子）的传说。


参数：all.lines
if TRUE, plot the smooth lines for all groups.  If FALSE, only for the 2 groups being compared.  
如果为TRUE，绘制各组线条流畅。如果为FALSE，只有2组进行比较。


参数：all.points
if TRUE, plot the points for all groups.  If FALSE, only for the 2 groups being compared.  
如果为TRUE，绘制各组点。如果为FALSE，只有2组进行比较。


参数：colors.l
a vector of line colors, one color for each group whose line is to be plotted (in alphabetical order).  
的线颜色的向量，其行是要绘制（按英文字母顺序排列）为每个组的颜色。


参数：colors.p
a vector of point colors, one color for each group whose points are to be plotted (in alphabetical order).  
一个点的颜色矢量，每个组的颜色，其要点是要绘制（按英文字母顺序排列）之一。


参数：outpath
where to save the output pdf file.  
其中保存输出的PDF文件。


参数：plot.p
set to FALSE if you want to plot the methlation values (the "l" output from dmrFinder) instead of the percentage methylation values (the "p" output).  If dmrFinder was run on l instead of p, plot.p=FALSE necessarily.  
如果你要绘制的methlation值，而不是百分比甲基化值（“L”从dmrFinder输出）（“P”输出）设置为FALSE。如果dmrFinder L上运行，而不是p的，plot.p = FALSE一定。


Details

详情----------Details----------

This function plots the differentially methylated regions (DMRs).
此功能图的差异甲基化区域（DMRs）。


作者（S）----------Author(s)----------



Martin Aryee <aryee@jhu.edu>, Peter Murakami, Rafael Irizarry




参见----------See Also----------

regionPlot, dmrFinder, dmrFdr
regionPlot，dmrFinder，dmrFdr


举例----------Examples----------


# See dmrFdr[看到dmrFdr]

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