R语言 charm包 dmrFinder()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

dmrFinder(charm)
dmrFinder()所属R语言包：charm

                                         Find differentially methylated regions (DMRs)
                                         差异甲基化区域（DMRs）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Find differentially methylated regions (DMRs) from tiling microarray data.
查找从平铺芯片数据的差异甲基化区域（DMRs）。


用法----------Usage----------


dmrFinder(eset=NULL, groups, p=NULL, l=NULL, chr=NULL, pos=NULL, pns=NULL,
        sdBins=NULL, controlIndex=NULL,
        controlProbes=c("CONTROL_PROBES", "CONTROL_REGIONS"), Indexes=NULL,
        filter=NULL, package=NULL, ws=7, verbose=TRUE, compare="all",  
        withinSampleNorm="loess", betweenSampleNorm="quantile",
        cutoff=0.995, sortBy="ttarea",paired=FALSE,pairs=NULL,DD=NULL,COMPS=NULL,
        removeIf=expression(nprobes<3),...)



参数----------Arguments----------

参数：eset
a TilingFeatureSet  
1 TilingFeatureSet


参数：groups
a vector of group labels for the samples in eset   
在ESET样本组标签的向量


参数：p
a matrix of percentage methylation values (scale: 0, 1). One column per sample  
矩阵的比例甲基化值（规模：0，1）。每样一列


参数：l
a matrix of methylation values (scale: -Inf, Inf), typically log-ratios.
矩阵的甲基化值（规模：-INF文件，INF），通常登录比率。


参数：chr
vector of chromosome labels for the probes in eset, p or l  
ESET，P或L探针向量染色体标签


参数：pos
vector of chromosomal coordinates for the probes in eset, p or l  
ESET，P或L为探针的染色体坐标向量


参数：pns
vector of region names for the probes in eset, p or l  
ESET，P或L探针向量区域名称


参数：sdBins
not currently implemented  
目前尚未实现


参数：controlIndex
vector of indices of non-CpG control probes  
向量的非CpG基的控制探针指数


参数：controlProbes
not currently used  
目前未使用


参数：Indexes
not currently used  
目前未使用


参数：filter
smoothing window weights. See details  
平滑窗口的权重。查看详情


参数：package
annotation package name  
注释包名称


参数：ws
smoothing window size parameter. See details.  
平滑窗口大小的参数。查看详情。


参数：verbose
Verbose progress reporting  
详细的进度报告


参数：compare
the groups between which to find DMRs.  
组之间这DMRs。


参数：withinSampleNorm
within-sample normalization method. "loess" or "none"  
内样本归一化法。 “黄土”或“无”


参数：betweenSampleNorm
between-sample normalization method. "quantile", "sqn" or "none"  
之间的样本归一化法。 “分量”，“中队”或“无”


参数：cutoff
t-statistic cutoff used to identify probes as being in a DMR  
在DMR用于识别探针的t-统计的截止


参数：sortBy
sort column for the DMR table. "area", "ttarea", "avg.diff", or "max.diff".  
幕表的排序列。 “区域”，“ttarea”，“avg.diff”，或“max.diff”。


参数：paired
if TRUE, do comparisons within pairs of samples.  FALSE by default.  
如果为true，在对样品进行比较。默认为false。


参数：pairs
if paired=TRUE, this must be provided.  a vector of pair identifiers for the samples in eset.  values must be the same within pairs and different between pairs.  
如果配对= TRUE时，必须提供。 ESET样本对标识符的向量。值必须是在对对之间的相同和不同。


参数：DD
DD object returned by dmrFinder when paired=TRUE.  This argument may be ignored.   
副署长对象由dmrFinder返回配对= TRUE时。这种说法可能会被忽略。


参数：COMPS
comps object returned by dmrFinder.  This argument may be ignored.  
谱曲对象由dmrFinder返回。这种说法可能会被忽略。


参数：removeIf
expression indicating which DMRs to drop from the DMR tables that get returned.  The negation of this is used as the subset argument to the subset function when it is called on the final DMR table before it is returned.  If NULL, no DMRs will be subsetted out from the final table before it is returned.  DMR table column names to use are listed below.  E.g., to drop all DMRs with less than 4 probes, set removeIf=expression(nprobes<4).  
表达表明这DMRs下降得到返回的DMR表。否定这是用来作为参数的子集功能，当它最终幕表之前调用它返回的子集。如果为NULL，没有DMRs将最终表的子集之前返回。下面列出幕表的列名使用。例如，下降少于4探针设置removeIf =表达（nprobes <4），所有DMRs。


参数：...
further options to be passed to methp  
被传递到methp的进一步选项


Details

详情----------Details----------

This function finds differentially methylated regions (DMRs). The sortBy parameter can be used to sort the DMRs by area (# probes x average difference), t-statistic area (# probes x average t-statistic), average difference, or maximum difference.
发现此功能差异甲基化区域（DMRs）。参数可以被用来在sortBy排序按面积DMRs（＃探针x平均差异），t-统计区（＃探针x平均t-统计），平均差异，或最大区别。


值----------Value----------

A list with
与名单


参数：tabs
A list of DMR tables, one per comparison with columns:     
幕表的列表，每一个与列的比较：

chrchromosome of DMR (bp)  
的的幕chrchromosome（BP）

startstart of DMR (bp)  
幕startstart（BP）

endend of DMR (bp)  
幕endend（BP）

p1if paired=FALSE, and p!=NULL or l=NULL, average percentage methylation of all probes between start and end for group 1  
p1if配对= FALSE和p = NULL或L = NULL，甲基化的开始和结束之间的所有探针的平均百分比为1组

p2if paired=FALSE, and p!=NULL or l=NULL, average percentage methylation of all probes between start and end for group 2  
p2if配对= FALSE和p = NULL或L = NULL，开始和结束之间的所有探针的平均比例为第2组的甲基化

m1if paired=FALSE, p=NULL and l!=NULL, average methylation l (logit(percentage methylation) if l=NULL) of all probes between start and end for group 1  
m1if配对= FALSE，则P = NULL和L =空，平均甲基化L的开始和结束之间的所有探针（的罗吉特如果L = NULL（百分比甲基））第1组

m2if paired=FALSE, p=NULL and l!=NULL, average methylation l (logit(percentage methylation) if l=NULL) of all probes between start and end for group 2  
m2if配对= FALSE，则P = NULL和L =空，平均甲基化L的开始和结束之间的所有探针（的罗吉特如果L = NULL（百分比甲基））第2组

regionNamename of the tiling region in which the DMR is found (These names come from the NDF file)  
regionNamename平铺在哪个区域被发现的DMR（这些名字来从NDF文件）

indexStartindex of first probe in DMR.  This indexes the output of dmrFinder, *not* the input.  
indexStartindex幕的第一次探测。这个指标的dmrFinder输出，*不*输入。

indexEndindex of last probe in DMR.  This indexes the output of dmrFinder, *not* the input.  
幕去年探针indexEndindex。这个指标的dmrFinder输出，*不*输入。

nprobesnumber of probes for the DMR, i.e., indexEnd-indexStart+1  
探针的DMR，即indexEnd indexStart +1 nprobesnumber

diffaverage percentage methylation difference within the DMR if paired=FALSE, and average l (logit(percentage) methylation if l=NULL) difference within the DMR if paired=TRUE  
百分比diffaverage内DMR的甲基化差异，如果配对= FALSE时，平均升（罗吉特（百分比）甲基化，如果L = NULL）内的DMR差异，如果配对= TRUE，

maxdiffmaximum percentage methylation difference within the DMR if paired=FALSE, and maximum l (logit(percentage) methylation if l=NULL) difference within the DMR if paired=FALSE  
maxdiffmaximum百分比差异甲基化的DMR内配对= FALSE时，最大的L（罗吉特（百分比）甲基化，如果L = NULL）内DMR差异，如果配对= FALSE，

areanprobes x average difference          
areanprobes x平均差异

ttareanprobes x (average probe level t-statistic for between group difference)                     
ttareanprobes×（平均探针水平组之间差异的t-统计）


参数：p
A matrix of percentage methylation estimates (NOTE: the probe order may differ from that of the input p matrix since probes are sorted into chromosomal order)
百分比的甲基估计（注：探测顺序可能不同，因为探针染色体顺序排序，输入p矩阵）矩阵


参数：l
This contains methylation log-ratios if they were passed to the function. Otherwise it contains logit-transformed percentage methylation estimates. (NOTE: the probe order may differ from that of the input l matrix since probes are sorted into chromosomal order)
这包含甲基log比，如果他们被传递给函数的。否则，它包含罗吉特转化的百分比甲基估计。 （注：探测顺序输入L矩阵不同，因为探针染色体顺序排序）


参数：chr
a vector of chromosomes corresponding to the rows of p and l
P和L的行向量对应的染色体


参数：pos
a vector of positions corresponding to the rows of p and l
P和L的行对应的位置向量


参数：pns
a vector of probe region names corresponding to the rows of p and l
P和L的行向量对应的探测区域名称


参数：index
a vector identifying which subset of the input probes (i.e. which elements of the input chr, pos, and pns, and rows of the input p and/or l) were used to search for DMRs.  The output objects (chr, pos, pns, p, l, etc) are this subset of probes from the input.  Therefore, e.g., while tabs$indexStart:tabs$indexEnd indexes the elements or rows of the output objects for each DMR candidate in tabs, index[tabs$indexStart:tabs$indexEnd] indexes the elements or rows of the input objects.
矢量识别输入探针（即输入字符，POS机，和PNS，输入p和/或l行元素）被用来为DMRs搜索的子集。输出对象（CHR，POS机，三七，P，L等），这从输入探针的子集。因此，例如，同时标签美元indexStart：标签美元indexEnd指标在标签中的元素或行输出对象，为每个候选的DMR，指数[标签美元indexStart：标签美元indexEnd]索引元素或行输入对象。


参数：gm
if paired=FALSE, group medians of the l matrix
如果配对= FALSE，L矩阵组中位数


参数：DD
if paired=TRUE, a list of within-pair differences for each comparison
如果配对= TRUE内对每个比较差异列表


参数：sMD
if paired=TRUE, a matrix of smoothed mean within-pair differences for each comparison
如果配对= TRUE时，平滑的矩阵意味着对每一个比较内差异


参数：groups
a vector of group labels
一组标签向量


参数：args
the DMR finder parameter vector
幕取景器参数向量


参数：comps
the vector of pairwise group comparisons
配对组比较向量


参数：package
the array annotation package name
阵列注解包名称


作者（S）----------Author(s)----------



Martin Aryee &lt;aryee@jhu.edu&gt;, Peter Murakami, Rafael Irizarry




参见----------See Also----------

readCharm, methp, dmrFdr
readCharm，methp，dmrFdr


举例----------Examples----------


# See dmrFdr[看到dmrFdr]

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