R语言 CGHregions包 CGHregions()函数中文帮助文档(中英文对照)

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CGHregions(CGHregions)
CGHregions()所属R语言包：CGHregions

                                         Dimension Reduction for Array CGH Data with Minimal Information Loss
                                         阵列CGH数据信息损失最小的尺寸减少

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Dimension Reduction for Array CGH Data with Minimal Information Loss
阵列CGH数据信息损失最小的尺寸减少


用法----------Usage----------


        CGHregions(input, averror=0.01)



参数----------Arguments----------

参数：input
An object of class cghCall, a character string or a dataframe. See details for information on the latter two.
对象类cghCall，字符串或dataframe的。对后两者的详细信息。


参数：averror
Maximal information loss allowed.  
允许的最大的信息丢失。


Details

详情----------Details----------

Please read the article and the supplementary information for detailed information on the algorithm.
请仔细阅读文章的补充资料，对算法的详细信息。

If the input is not an object of class cghCall it should be either a dataframe or a tabseparated textfile (textfiles must contain a header). The first three columns should contain the name, chromosome and position in bp for each array target respectively. The chromosome and position column must contain numbers only. Following these is a column with log2 ratios for each of your samples. If the input type is a textfile, missing values should be represented as 'NA' or an empty field.
如果输入不是一个类的对象cghCall应该是一个dataframe或tabseparated文本文件（文本文件必须包含一个头）。前三列应包含的名称，染色体和BP分别为每个阵列目标的位置。染色体和位置列必须只包含数字。以下这些是log2每个样品的比列。如果输入类型是文本文件，遗漏值应表示为“无”或空场。

The algorithm reduces the call matrix to a smaller matrix that contains regions rather than individual clones.  The regions consist of consequtive clones the signatures of which are very much alike. The dimension reduction  is potentially for testing and clustering puposes. The amount of information lost by this dimension  reduction is controlled by averror. The larger averror, the less regions will result.
该算法降低通话矩阵，包含区域，而不是个别的克隆到一个较小的矩阵。这些区域包括consequtive克隆是非常相像的签名。可能是为测试和聚类puposes降维。这个维度减少损失的信息量控制averror。较大的averror，少的区域，将导致。


值----------Value----------

This function returns an object of class cghRegions
这个函数返回一个对象类cghRegions


作者（S）----------Author(s)----------



Mark van de Wiel and Sjoerd Vosse
Maintainer: Mark van de Wiel <mark.vdwiel@vumc.nl>




参考文献----------References----------

with Minimal Information Loss. Cancer Informatics, 2, 55-63.

举例----------Examples----------


        data(WiltingCalled)
        result <- CGHregions(WiltingCalled)

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注：
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