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CGHnormaliter(CGHnormaliter)
CGHnormaliter()所属R语言包：CGHnormaliter

                                         Iterative normalization of aCGH data
                                         迭代aCGH数据标准化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Implementation of an iterative algorithm for normalization of aCGH data displaying imbalanced aberrations.
aCGH数据显示不平衡畸变标准化的一个实现迭代算法。


用法----------Usage----------


  CGHnormaliter(data, nchrom = 24, cellularity = 1, max.losses = 0.3, plot.MA = TRUE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：data
either a dataframe or character string containing a filename. See section Details for the format.
无论是dataframe或字符串包含一个文件名。格式见节详细介绍。


参数：nchrom
number of chromosomes.
染色体的数目。


参数：cellularity
vector of cellularities ranging from 0 to 1 to define the contamination of your sample with healthy cells (1 = no contamination). See Details for more information.
向量的范围从0到1定义您的样品污染与健康的单元（1 =没有污染）的单元密度。更多信息，请参阅。


参数：max.losses
maximum fraction of losses in your samples. In case this fraction is exceeded after calling, losses are deemed normals and centralization will be around the (lower) peak at the left of the log2 ratio distribution.
最高分数的样品的损失。在通话后超过这个分数的情况下，损失被视为法线，将集中围绕在左边的log2比例分配（下）高峰。


参数：plot.MA
logical. If "plot.MA = TRUE", MA-plots before and after normalization are generated of each sample. The plots are saved into a PDF file.
逻辑。如果“plot.MA = TRUE”，前后标准化主图每个样品的产生。图保存成PDF文件。


参数：...
arguments for segment (from package DNAcopy) and/or CGHcall.
（从包segment）参数和/或DNAcopy。CGHcall


Details

详情----------Details----------

The input should be either a data.frame or the file name of a tabseparated text file (text files must contain a header). The first four columns should contain the name, chromosome and the start and end position in bp for each array target respectively. The position columns must contain numbers only. Following these are two columns with the raw test and reference intensities for each of your samples. These intensities must be numeric as well. If the input type is a text file, missing values should be represented as 'NA' or an empty field.<br> The cellularity and baselevel parameters should both be a vector of length n where n is the number of samples in your dataset. Each vector is recycled if there are not enough values in it, or truncated if there are too many.<br> There is a CGHnormaliter.write.table method that prints the results in a tabular format.
输入应该是一个data.frame或一个tabseparated文本文件（文本文件必须包含一个头）的文件名。前四列应包含的名称，染色体和BP分别为每个阵列目标的开始和结束的位置。位置列必须只包含数字。以下这些是两列与原始测试，并为您的每一个样品的参考强度。这些强度必须是数字。如果输入的类型是一个文本文件，遗漏值应表示为“无”或空场。参考的单元结构和基准面参数都应该是一个向量长度nn在您的数据集的样本数。如果没有足够的值，每个向量回收或截断，如果有太多的参考CGHnormaliter.write.table方法以表格形式打印结果。


值----------Value----------

This function returns a matrix of objects of class cghCall with dimension (number of clones) * (number of samples). Each object contains the following components (See section Examples on how to access them):
这个函数返回一个矩阵类cghCall尺寸（克隆数）*（样本数）的对象。每个对象都包含以下几部分组成（见如何访问它们的部分例子）：


参数：normalized data
A matrix with the normalized log2 intensity ratios for each profile.
一个矩阵归的log2强度的比值为每个配置文件。


参数：segments
A matrix with the segments for each profile.
一个矩阵为每个配置文件的部分。


参数：calls
A data.frame with the calls for each profile. Values are -1 (loss), 0 (normal) or 1 (gain).
一个data.frame每个配置文件的调用。值是-1（亏损），0（正常）或1（收益）。


参数：probabilities
A data.frame with 3 columns of probe information (name, chromosome and position), followed by 3 columns with aberration probabilities for each sample.
一个data.frame探针信息（名称，染色体和位置）与畸变的概率为每个样品3列，3列。


作者（S）----------Author(s)----------



Bart P.P. van Houte, Thomas W. Binsl, Hannes Hettling




参考文献----------References----------



举例----------Examples----------


  data(Leukemia)
  ## Normalize the raw intensity values of the first 4 chromosomes.[＃标准化的第4染色体的原始强度值。]
  result <- CGHnormaliter(Leukemia, nchrom=4)
  ## Get the normalized log2 intensity ratios, segments and calls[＃获取归的log2强度的比值，段，并呼吁]
  normalized.data <- copynumber(result)
  segmented.data <- segmented(result)
  called.data <- calls(result)
  ## Plot the normalization result of sample 2[＃绘制样品2标准化的结果]
  plot(result[, 2])
  ## Write the normalized log2 intensity ratios to file[＃写提交规范化的log2强度比]
  CGHnormaliter.write.table(result)

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