ExpandCGHcall(CGHcall)
ExpandCGHcall()所属R语言包：CGHcall
Expands result fron CGHcall to CGHcall object.
扩大的结果前缘CGHcall CGHcall对象。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Expands result from CGHcall function to CGHcall object.
CGHcall函数到CGHcall对象扩大的结果。
用法----------Usage----------
ExpandCGHcall(listcall,inputSegmented, digits=3, divide=4, memeff = FALSE, fileoutpre="Callobj_")
参数----------Arguments----------
参数：listcall
List object; output of function CGHcall
列表中的对象;输出功能CGHcall
参数：inputSegmented
An object of class cghSeg
一个对象的类cghSeg
参数：digits
Number of decimal digits to be saved in the resulting call object. Allows for saving storage space
被保存在调用对象的小数位数的数目。允许为节省存储空间
参数：divide
Number of batches to divide the work load in. Larger values saves memory, but requires more computing time
一批批英寸较大的值来划分的工作负载，节省内存，但需要更多的计算时间
参数：memeff
When set to TRUE, memory efficient mode is used: results are written in batches to multiple external files. If FALSE, one output object is provided.
当设置为TRUE，高效的内存模式用于分批到多个外部文件的书面结果。如果为FALSE，提供一个输出对象。
参数：fileoutpre
Only relevant when memeff=TRUE. Define prefix for output file names
只有相关=真memeff。定义为输出文件名前缀
Details
详情----------Details----------
This function is new in version 2.7.0. It allows more memory efficient handling of large data objects. If R crashes because of memory problem, we advise to set memeff = TRUE and increase the value of divide. When multiple files are output (in case of memeff=TRUE) the function combine may be used to combine CGHcall objects.
此功能是新的版本2.7.0。它可以更有效地处理大型数据对象的内存。如果R崩溃，因为内存的问题，我们建议设置memeff = TRUE和增加价值的鸿沟。当多个文件输出（memeff = TRUE的情况）功能结合，可用于结合CGHcall对象。
值----------Value----------
An object of class cghCall-class either as one object (when memeff = FALSE) or as multiple objects stored in .Rdata files in the working directory (when memeff = FALSE)
一个类的对象cghCall-class（当memeff为FALSE）作为一个对象或多个对象存储。RDATA工作目录中的文件（当memeff为FALSE）
作者（S）----------Author(s)----------
Sjoerd Vosse & Mark van de Wiel
参考文献----------References----------
profiles. Bioinformatics, 23, 892-894.
参见----------See Also----------
CGHcall, cghCall-class
CGHcall，cghCall-class
举例----------Examples----------
data(Wilting)
## Convert to \code{\link{cghRaw}} object[＃转换为\代码{\链接{cghRaw}的}对象]
cgh <- make_cghRaw(Wilting)
print(cgh)
## First preprocess the data[＃首先进行预处理数据]
raw.data <- preprocess(cgh)
## Simple global median normalization for samples with 75% tumor cells[＃简单的全球75％的肿瘤单元样本中位数标准化]
perc.tumor <- rep(0.75, 3)
normalized.data <- normalize(raw.data, cellularity=perc.tumor)
## Segmentation with slightly relaxed significance level to accept change-points.[＃分割稍微宽松的显着性水平，接受变化点。]
## Note that segmentation can take a long time.[＃注意，分割可以采取很长一段时间。]
## Not run: segmented.data <- segmentData(normalized.data, alpha=0.02)[＃无法运行：segmented.data < - segmentData（normalized.data，α= 0.02）]
## Not run: postsegnormalized.data <- postsegnormalize(segmented.data)[＃无法运行：postsegnormalized.data < - postsegnormalize（segmented.data）]
## Call aberrations[＃呼叫畸变的]
## Not run: result <- CGHcall(postsegnormalized.data)[＃无法运行结果< - CGHcall（postsegnormalized.data）]
## Not run: result <- ExpandCGHcall(result,postsegnormalized.data)[＃无法运行结果< - ExpandCGHcall（结果，postsegnormalized.data）]
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发表于 2012-2-25 14:35:27
