M.homog(vegetarian)
M.homog()所属R语言包：vegetarian
MacArthur's Homogeneity Measure
麦克阿瑟的均匀性测量
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Macarthur's homogeneity measure provides a gauge of the amount of total diversity contained in an average community or sample (MacArthur 1965). It can be derived from a transformation of the true beta diversity of order 1, the numbers equivalent of the beta Shannon entropy (Jost 2007 Equation 18). If the N communities being compared are equally weighted, then other values of q can be specified to calculate other familiar similarity indices (e.g. Jaccard index when q=0, Morisita-Horn index when q=2) (Jost 2006).
Macarthur的一致性测度量平均社区或样品（麦克阿瑟1965）中包含的总多样性提供了一个压力表。也可以得出从1阶的真实beta多样性的转变，这个数字相当于β-香农熵（乔斯特2007公式18）。如果N的社区进行比较的权重相等，那么其他的Q值，可以指定其他熟悉的相似性指数（如Jaccard指数计算q = 0时，Morisita角指数当q = 2），（乔斯特2006）。
用法----------Usage----------
M.homog(abundances, abundances2 = NULL, q = 1, std = FALSE, boot = FALSE, boot.arg = list(s.sizes = NULL, num.iter = 100))
参数----------Arguments----------
参数：abundances
Community data as a matrix where columns are individual species and rows are sites or a vector of different species within a site. Matrix and vector elements are abundance data (e.g. counts, percent cover estimates).
数据列是一个矩阵，其中个别品种和行的社区网站或网站内的不同品种的一个向量。矩阵和向量元素的丰度数据（如计数，百分比盖的估计）。
参数：abundances2
Community data, a vector of different species within a site. Vector elements are abundance data (e.g. counts, percent cover estimates). If abundances is given a matrix, then abundances2 defaults to NULL.
社区站点内的数据，不同物种的向量。 Vector元素的丰度数据（如计数，百分比盖的估计）。如果丰度矩阵，然后abundances2默认设置为NULL。
参数：q
Order of the diversity measure. Defaults to the Shannon case where q = 1.
订购的多样性的措施。默认的Shannon情况下，q = 1时。
参数：std
Logical statement. If std = TRUE, then the data is standardized, so that the value returned is bounded between zero and one. The default is std = FALSE where there is no standardization of the data, and lower and upper limits of the value returned are 1/N and one, respectively.
逻辑语句。如果std = TRUE，那么数据是标准化的，所以返回的值是有界的零和一之间。默认值是std = FALSE那里没有标准化的数据，并且返回的值的上限和下限是1 / N和一个分别。
参数：boot
Logical indicating whether to use bootstrapping to estimate uncertainty.
逻辑指示是否使用自举到估计不确定性。
参数：boot.arg
(optional) List of arguments to pass bootstrapping function: list(s.sizes=number you specify, num.iter=number you specify)
（可选）的参数列表，通过自举功能：列表（s.sizes =您指定的号码，num.iter =您指定的号码）
值----------Value----------
<table summary="R valueblock"> <tr valign="top"><td>M</td> <td> A scalar, MacArthur's homogeneity measure, where the lower limit (either 1/N or zero depending on the specification of the argument std) is the case when all communities are distinct and the upper limit (unity) occurs when all communities are exactly identical.</td></tr> <tr valign="top"><td>StdErr</td> <td> (optional) Standard error of value estimated through bootstrapping.</td></tr>
<table summary="R valueblock"> <tr valign="top"> <TD> M</ TD> <td>一个标量，麦克阿瑟的同质性措施，下限（1 / N或零取决于规范的说法STD）的情况下，当所有的社区是不同的上限（单位）发生时，所有社区是完全相同的。</ TD> </ TR> <tr valign="top"> <TD >StdErr </ TD> <TD>（可选）通过自举的估计值的标准误差。</ TD> </ TR>
</table>
</ TABLE>
（作者）----------Author(s)----------
Noah Charney, Sydne Record
参考文献----------References----------
Jost, L. 2006. Entropy and diversity. Oikos 113(2): 363-375.
Jost, L. 2007. Partitioning diversity into independent alpha and beta components. Ecology 88(10): 2427-2439.
Hill, M. 1973. Diversity and evenness: A unifying notation and its consequences. Ecology 54: 427-432.
参见----------See Also----------
Rel.homog bootstrap
Rel.homogbootstrap
实例----------Examples----------
data(simesants)
M.homog(simesants[1:2,-1])
hemlock<-subset(simesants,Habitat=="Hemlock")[,-1]
hardwood<-subset(simesants,Habitat=="Hardwood")[,-1]
M.homog(abundances=hemlock,abundances2=hardwood)
M.homog(simesants[1:2,-1], q=2,std=TRUE,boot=TRUE)
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发表于 2012-10-1 15:19:01
