R语言 CellNOptR包 writeReport()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

writeReport(CellNOptR)
writeReport()所属R语言包：CellNOptR

                                         Write a report of a CellNOptR analysis
                                         写一个一个CellNOptR分析报告

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function writes a short report of a CellNOptR analysis in an html page, that is linked to the various graphs produced
这个函数写在简短的报告，HTML页一个CellNOptR分析的，链接到所产生的各种图表


用法----------Usage----------


writeReport(ModelOriginal, ModelOpt, optimResT1, optimResT2, CNOlist, directory, namesFiles = list(dataPlot = NA, evolFit1 = NA, evolFit2 = NA, SimResults2 = NA, SimResults1 = NA, Scaffold = NA, tscaffold = NA, wscaffold = NA, PKN = NA, wPKN = NA, nPKN = NA), namesData = list(CNOlist=NA, Model=NA),resE)



参数----------Arguments----------

参数：ModelOriginal
the original previous knowledge network (i.e. model that you loaded) in a model list format  
原来以前的知识网络模型中的列表格式（即模型，你装）


参数：ModelOpt
the model that was actually used for optimisation (i.e. the scaffold network, after compression and expansion) in a model list format  
实际上被用于优化（即脚手架网络，压缩和膨胀后）模型在模型列表格式


参数：optimResT1
the results of the optimisation at t1, as output by gabinaryT1  
由gabinaryT1在T1输出的优化结果，


参数：optimResT2
the results of the optimisation at t2, as output by gabinaryT2. Always set to NA here since the t2 optimisation is not implemented in this version  
在T2优化的结果，输出由gabinaryT2。始终设置为NA这里没有在这个版本中实现自T2优化


参数：CNOlist
a CNOlist  
1 CNOlist


参数：directory
the name of a new directory that will be created, where your results will be moved  
将创建一个新的目录名称，您的结果将被移到


参数：namesFiles
a list of the names of the files that should have been created. Depending on whether a t2 optimisation was performed or not, all or some of the following fields are expected: dataPlot,evolFit1,evolFit2,SimResults2,SimResults1,Scaffold,tscaffold,wscaffold,PKN,wPKN,nPKN  
应该已创建的文件的名称列表。根据是否T2进行优化或没有，全部或部分以下领域预计：dataPlot，evolFit1，evolFit2 SimResults2，SimResults1，脚手架tscaffold，wscaffold，PKN，wPKN，nPKN


参数：namesData
a list with fields $CNOlist and $Model that contain strings that are meaningful identifiers of your data and previous knowledge network (for your own record)  
与字段列表$CNOlist和$Model包含字符串，是有意义的数据和以前的知识网络标识符（自己的纪录）


参数：resE
a vector with named entries t1, t2 t1andt2, as produced by the function ResidualError, that contains the residual error associated with the discretisation of the data  
项名为T1，T2 t1andt2ResidualError，包含残差数据离散化的功能，向量


Details

详情----------Details----------

Future versions of this function might directly write and compile a tex file.
此功能的未来版本可能会直接写和编译一个tex文件。


值----------Value----------

This function produces a directory and moves all the files of namesFiles to it, then it creates an html report that contains infos about the optimisation process.
该函数产生一个目录和它移动所有的namesFiles的文件，然后它创建一个HTML报告，其中包含关于优化过程中的infos。


作者（S）----------Author(s)----------



C.Terfve




参见----------See Also----------

writeNetwork, writeScaffold
writeNetwork，writeScaffold


举例----------Examples----------


tmpdir<-tempdir()
setwd(tmpdir)

#load data[数据加载]

data(CNOlistToy,package="CellNOptR")
data(ToyModel,package="CellNOptR")

#pre-process model (partial)[预过程模型（部分）]

indicesToy<-indexFinder(CNOlistToy,ToyModel,verbose=TRUE)
ToyNCNOcutComp<-compressModel(ToyModel,indicesToy)
indicesToyNCNOcutComp<-indexFinder(CNOlistToy,ToyNCNOcutComp)
ToyNCNOcutCompExp<-expandGates(ToyNCNOcutComp)

#optimise[优化]

ToyFields4Sim<-prep4Sim(ToyNCNOcutCompExp)
initBstring<-rep(1,length(ToyNCNOcutCompExp$reacID))
ToyT1opt<-gaBinaryT1(
        CNOlist=CNOlistToy,
        Model=ToyNCNOcutCompExp,
        SimList=ToyFields4Sim,
        indexList=indicesToyNCNOcutComp,
        initBstring=initBstring,
        maxGens=2,
        PopSize=5,
        verbose=TRUE)

#write report[写报告]

namesFilesToy<-list(
        dataPlot=NA,
        evolFit1=NA,
        evolFit2=NA,
        SimResults1=NA,
        SimResults2=NA,
        Scaffold=NA,
        ScaffoldDot=NA,
        tscaffold=NA,
        wscaffold=NA,
        PKN=NA,
        PKNdot=NA,
        wPKN=NA,
        nPKN=NA)
writeReport(
        ModelOriginal=ToyModel,
        ModelOpt=ToyNCNOcutCompExp,
        optimResT1=ToyT1opt,
        optimResT2=NA,
        CNOlist=CNOlistToy,
        directory="testToy",
        namesFiles=namesFilesToy,
        namesData=list(CNOlist="Toy",Model="ToyModel"),
        resE=NA)

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。