R语言 CellNOptR包 simulateT1()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

simulateT1(CellNOptR)
simulateT1()所属R语言包：CellNOptR

                                         Cut and simulation of a boolean model at t1
                                         在t1剪切和一个布尔模型模拟

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function cuts a model according to a bitstring optimised at T1, and simulates the model accordingly
此功能减少模型，根据在T1优化一个比特串，并相应地模拟模型


用法----------Usage----------


simulateT1(CNOlist, Model, bStringT1, SimList, indexList)



参数----------Arguments----------

参数：CNOlist
a CNOlist object  
1 CNOlist对象


参数：Model
a full model  
一个完整的模型


参数：bStringT1
a bitstring to cut the model, as output by gabinaryT1 (i.e. a vector of 1s and 0s, of length equal to the number of reactions in the model)  
gabinaryT1（即1s和0s的向量，长度等于反应模型）削减为输出模式，一个比特串


参数：SimList
a list of additional fields for simulation as created by prep4Sim, corresponding to the full model  
额外的字段作为prep4Sim，相应的模型创建一个模拟列表


参数：indexList
a list of indexes as created by indexFinder  
作为由indexFinder创建一个索引列表


Details

详情----------Details----------

This function is a wrapper for simulatorT1, that cuts the model before simulating it.
此功能是为simulatorT1，切割前模拟模型的包装。


值----------Value----------

a matrix of simulated values, including all species in the model, i.e. to be used as input of gabinaryT2 (not implemented here) but not to be used directly in plotOptimResults
矩阵的模拟值，包括模型，即在所有物种被用来作为输入gabinaryT2（未实现），但不得直接用于plotOptimResults


作者（S）----------Author(s)----------



C.Terfve




参见----------See Also----------

cutAndPlotOptimResultsT1, simulatorT1
cutAndPlotOptimResultsT1，simulatorT1


举例----------Examples----------


#This will compute the output of a random model obtained by randomly selecting which gates of the initial models are included[这将计算随机模型的输出，通过随机选择的初始模型门]

data(CNOlistToy,package="CellNOptR")
data(ToyModel,package="CellNOptR")

indicesToy<-indexFinder(CNOlistToy,ToyModel,verbose=FALSE)
ToyFields4Sim<-prep4Sim(ToyModel)

SimRes<-simulateT1(
        CNOlist=CNOlistToy,
        Model=ToyModel,
        bStringT1=round(runif(length(ToyModel$reacID))),
        SimList=ToyFields4Sim,
        indexList=indicesToy)

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