R语言 VarEff包 LogSizeDist()函数中文帮助文档(中英文对照)

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LogSizeDist(VarEff)
LogSizeDist()所属R语言包：VarEff

                                         Reveal the estimates of Log(Ne)
                                         透露估计的log（NE）

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculates estimates of effective size in Logarithm (Log(Ne)), at a number of times from 0 to a certain time ago (given by the user), plots and saves results on files.
计算的估计数（有效尺寸log（NE））的次数从0到一定的时间前（由用户指定），图，并保存结果文件。


用法----------Usage----------


LogSizeDist(NameBATCH = NULL, MUTAT = NULL, TMAX = NULL, NBT = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：NameBATCH
[matrix]:File .Batch created by the function VarEff.  
[矩阵]：文件的批处理创建的功能VarEff的。


参数：MUTAT
[numeric]:Mutation rate.  
[数字]：突变率。


参数：TMAX
[integer]ength of the period for which the distributions of Log(Ne) in the past are generated.  
[整数]：长度的分布产生log（NE）在过去的时期。


参数：NBT
[integer]:Number of time intervals.  Example: If TMAX=1000 generations, and NBT=100, the estimates are calculated every 10th generation until 1000 generations ago.  
[整数]：时间间隔的数目。例：如果TMAX = 1000代，NBT = 100，估计是计算每第十代，直到1000代前。


Details

详细信息----------Details----------

To obtain the distribution of Log(Ne) at a number of generations in the past,  run the function LogSizeDist(). <br>
在很多世代在过去的数（Ne）的分布，运行的功能LogSizeDist，（）。参考

The function uses the job.Batch file created by VarEff().  Results can be shown in natural census values of population sizes, or in reduced theta scale if mutation rate is set to 0 in this function. <br>
该函数使用job.Batch创建的文件由VarEff（）。如果突变率被设置为0，在此功能中，结果可以显示在天然普查值的种群大小，或在减少θ波规模。参考

Lstat file:
LSTAT文件：

Column  1: Time in generations (if MUTAT is not 0) or the corresponding reduced time.
塔1：时间在世代（如果MUTAT不是0）或相应的减少的时间。

Columns 2: Arithmetic Mean of Log(Ne).
第2列：log（NE）的算术平均数。

Columns 3: None (value set to 0).
列3：无（将值设置为0）。

Columns 4: Mode of Log(Ne).
列4：log（NE）的模式。

Columns 5: Median of Log(Ne).
列5：log（NE）的中位数。

Columns 6: Quantile 5 percent of Log(Ne).
第6列：登录位数的5％（NE）。

Columns 7: Quantile 95 percent of Log(Ne).<br>
列7位数95％的log（Ne）等。<BR>

Ldist file:
Ldist文件：

Posterior densities of Log(Ne) at past times (fitted distribution using the density R function).
后密度记录（NE）在过去的时间（拟合分布的密度R的功能）。

File with (Nbinstants+1) lines and 514 or 1025 columns.
文件，（Nbinstants +1）线和514或1025列。

Lines: Instants when the distribution of N(T(i-1)) was calculated: 1<i<NBT+1; 0<T(i-1)<TMAX.
路线：时点的N（T第（i-1））的分布时，计算值：1 <<NBT 1 0 <T第（i-1）<TMAX。

TMAX corresponds to the length of the period for which the distributions of Log(Ne) in the past are generated)
TMAX对应的分布产生log（NE）在过去的一段的长度）

NBT corresponds to the number of time intervals. Example: If TMAX=1000 generations, and NBT=100,  estimates are calculated every 10th generation until 1000 generations ago)
NBT对应的时间间隔的数目。例：如果TMAX = 1000代，NBT = 100，估计计算每第十代，直到1000代前）

Columns in line i :
中的列线：

Column  1 : Values of  T(i-1)
专栏1：T（I-1）

Columns 2 to 513 : Abscissa (Log(Ne) values)
列2到513：横坐标（对数（Ne）的值）

Columns 514 to 1025 : Ordinates (densities of these Log(Ne)) <br>
514到1025列：纵这些log（密度（Ne）等）参考


值----------Value----------


参数：job.Lstat
Summary statistics of posterior effective population size in logarithm (Log(Ne)).  Matrix(ncol=7,nrow=NBT+1): Time in generations or in in reduced scale (Theta) (if MUTAT set to 0),  Arithmetic mean of Log(Ne), Mode of Log(Ne), Median of Log(Ne),  Quantile 5 percent of Log(Ne), Quantile 95 percent of Log(Ne).
后有效种群大小的对数（log（Ne）等）的汇总统计数据。矩阵（NCOL = 7，NROW = NBT +1）：在几代人的时间或缩小规模（西塔）（，如果MUTAT设置为0），算术平均值的log（NE），登录模式（NE），中位数登录（NE），登录位数的5％（NE），分位数95％的log（NE）。


参数：job.Ldist
Densities of the posterior distributions of Ne   (Matrix(ncol=1025,nrow=NBT+1).  
密度的后验分布的Ne（基（NCOL = 1025，NROW = NBT +1）。


注意----------Note----------

More details on the model can be found on the website: https://qgp.jouy.inra.fr
更多细节的模型，可以在网站上找到：https://qgp.jouy.inra.fr


（作者）----------Author(s)----------



Natacha Nikolic &lt;documents_57@hotmail.com&gt; and Claude Chevalet &lt;claude.chevalet@toulouse.inra.fr&gt;




参考文献----------References----------




参见----------See Also----------

Overview: VarEff-package <br> Exemple: InputTest <br> HelpData: HelpData
概述：VarEff-package的<BR>为例：“InputTest的<BR> HelpData：HelpData


实例----------Examples----------


  
LogSizeDist (NameBATCH = system.file("extdata/job.Batch", package = "VarEff")
, MUTAT = 0.01, TMAX = 200, NBT = 10)



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