R语言 CellNOptR包 CNORwrap()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

CNORwrap(CellNOptR)
CNORwrap()所属R语言包：CellNOptR

                                         CNOR analysis wrapper
                                         CNOR分析包装

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is a wrapper around the whole CNOR analysis, it performs the following steps: 1. Plot the CNOlist; 2. Checks data to model compatibility; 3. Find the indices, in the model, of the species that are inhibited/stimulated/measured (signals); 4. Find the indices of the non-osbervables/non-controllables (nonce); 5. Cut the nonc off the model; 6. Recompute the indices; 7. Compress the model;8. Recompute the indices; 9. Expand the gates; 10. Compute the residual error; 11. Prepare for simulation; 12. Optimisation; 13. Plot simulated and experimental results; 14. Plot the evolution of fit; 15. Write the scaffold and PKN; 16. Write the report
此功能是包装周围整个CNOR分析，它执行以下步骤：1。绘制的CNOlist 2。检查数据模型的相容性; 3。找到指标，在模型中，物种的抑制/刺激/测量（信号）; 4。查找的non-osbervables/non-controllables（随机数）的指标; 5。削减了该模型的nonc; 6。重新计算指数; 7。压缩模式; 8。重新计算指数; 9。展开的大门; 10。计算残差; 11。准备模拟; 12。优化; 13。图模拟和实验结果; 14。画出合适的演化; 15。写的脚手架和PKN 16。写报告


用法----------Usage----------


CNORwrap(paramsList,Data,Model,Name,NamesData,Time=1)



参数----------Arguments----------

参数：paramsList
paramsList has entries: Data:the CNOlist, Model:the model; Parameters for the optimisation:sizeFac: default to 1e-04; NAFac: default to 1opSize: default to 50; Pmutation: default to 0.5; MaxTime: default to 60; maxGens: default to 500; StallGenMax: default to 100; SelPress: default to 1.2; elitism: default to 5; RelTol: default to 0.1; verbose: default to FALSE (default to true in the functions  used by CNORwrap but CNORwrap sets them to false by default).  
paramsList有条目：数据：CNOlist，型号：模型参数的优化：sizeFac：默认1E-04; NAFac：默认为1; PopSize：默认为50; Pmutation：默认为0.5; MaxTime：默认为60 ;默认为500 maxGens：StallGenMax：默认为100，默认为1.2 SelPress：精英主义：默认为5; RELTOL：默认为0.1;详细：默认为false（默认为true在由CNORwrap但CNORwrap使用的功能设置默认为false）。


参数：Data
the CNOlist that contains the data that you will use  
包含的数据，您将使用的CNOlist


参数：Model
the model that you want to optimise  
要优化模型


参数：Name
a string that will be used to name the project and all graphs produced  
一个将被用来命名的项目和生产的所有图表的字符串


参数：NamesData
a list with two elements:CNOlist and Model, each containing a string that is a reference for the user to know which model/data set was used (it will be included in the report)  
具有两个元素的列表：CNOlist和型号，每个包含一个字符串，它是一个用户知道哪个模型/数据集被用来参考（它会被包括在报告中）


参数：Time
either 1 or 2: by default this is set to 1 because the 2 time points optimisation is not implemented in this version  
1或2：默认情况下，这是设置为1，因为没有在这个版本中实现2个时间点优化


Details

详情----------Details----------

If you do not provide a parameters list, you can provide only essential elements, and all other parameters will be set to their default values. In this case, you should set paramsList=NA, and provide the following fields: Data, Model, Name, Time.
如果你不提供一个参数列表，你可以只提供必不可少的元素，和所有其他参数将被设置为它们的默认值。在这种情况下，你应该设置paramsList =不适用，并提供以下领域：数据，模型，名称，时间。


值----------Value----------

This function does not return anything, it does the analysis, produces all the plots and puts them in a folder that is in your working directory, and is called "Name".
此函数不返回任何东西，它的分析，产生的所有图，并将它们放在一个文件夹，在你的工作目录是，被称为“名”。


作者（S）----------Author(s)----------



C. Terfve




举例----------Examples----------


#version with paramslist[版本与paramslist]

tmpdir<-tempdir()
setwd(tmpdir)

data(CNOlistToy,package="CellNOptR")
data(ToyModel,package="CellNOptR")

pList<-list(
        Data=CNOlistToy,
        Model=ToyModel,
        sizeFac = 1e-04,
        NAFac = 1,
        PopSize = 5,
        Pmutation = 0.5,
        MaxTime = 60,
        maxGens = 5,
        StallGenMax = 5,
        SelPress = 1.2,
        elitism = 5,
        RelTol = 0.1,
        verbose=TRUE)
CNORwrap(
        paramsList=pList,
        Name="Toy",
        NamesData=list(CNOlist="ToyData",Model="ToyModel"),
        Data=NA,
        Model=NA)

## Not run: [＃无法运行：]
#version with default parameters[版本默认参数]

dir.create("CNOR_analysis")
setwd("CNOR_analysis")

data(CNOlistToy,package="CellNOptR")
data(ToyModel,package="CellNOptR")

CNORwrap(
        paramsList=NA,
        Name="Toy",
        NamesData=list(CNOlist="ToyData",Model="ToyModel"),
        Data=CNOlistToy,
        Model=ToyModel)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。