R语言 cellHTS包 screenMatch()函数中文帮助文档(中英文对照)

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screenMatch(cellHTS)
screenMatch()所属R语言包：cellHTS

                                        Matching the gene annotation of two screens
                                         两个屏幕相匹配的基因注释

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Match the annotation of two cellHTS objects in order to find the common  gene-perturbing reagents  
匹配两个cellHTS对象的注释，以便找到共同的基因黑幕试剂


用法----------Usage----------


screenMatch(screens, ids)



参数----------Arguments----------

参数：screens
a list of annotated cellHTS objects.
注明cellHTS对象名单。


参数：ids
a character vector of length two giving, for each cellHTS object, the name of the column of slot 'geneAnno' that should be used for the annotation IDs. See details.
一个长度为2的特征向量，每个cellHTS对象，给予槽“geneAnno标注标识应当使用的列名。查看详情。


Details

详情----------Details----------

By default, if ids is missing, the column GeneID of the slot geneAnno of each of the cellHTS objects in screens is taken for the annotation IDs when comparing the two data sets.
默认情况下，如果ids丢失，列GeneID插槽geneAnnocellHTSscreens标注标识时对象比较两个数据集。


值----------Value----------

A list with two components:
两部分组成名单：


参数：p.overlap
a vector giving the proportion of overlap in the screens' annotation.
向量重叠在屏幕的注解比例。


参数：isInBoth
a list of logical vectors, each of which with length equal to the product between nr. Well and nr. Plates in each screen, indicating whether the respective gene-perturbing reagent of that screen is also present in the other.
一个逻辑向量的列表，其中每个产品之间的长度等于nr. Well和nr. Plates在每个屏幕上，显示的各自基因的黑幕，屏幕试剂是否还存在其他的。


作者（S）----------Author(s)----------


Ligia Braz <a href="mailto:ligia@ebi.ac.uk">ligia@ebi.ac.uk</a>



举例----------Examples----------


    ## Just for exemplification purposes, we consider the complete genome-wide screen "KcViab" [＃只为例证的目的，我们认为，完整的基因组全屏幕“KcViab”]
    ## and its first 3 plates ("KcViabSmall"): [＃和它的前3板（“KcViabSmall”）：]
    data(KcViab)
    data(KcViabSmall)
    screens <- list(KcViab, KcViabSmall)
    out <- screenMatch(screens)
    out$p.overlap
    sapply(out$isInBoth, sum)
    sapply(1:2, function(z) table(screens[[z]]$geneAnno$Plate[out$isInBoth[[z]]]))

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