R语言 cellHTS包 annotate()函数中文帮助文档(中英文对照)

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annotate(cellHTS)
annotate()所属R语言包：cellHTS

                                        Annotates the gene IDs of a given cellHTS object
                                         注的某一cellHTS对象的基因标识

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Annotate the gene IDs of a given cellHTS object.  
一个给定的cellHTS对象的注释基因标识。


用法----------Usage----------


annotate(x, ...)
## S3 method for class 'cellHTS'
annotate(x, geneIDFile, path, ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
a cellHTS object.
1 cellHTS对象。


参数：geneIDFile
the name of the file with the gene IDs (see details). This argument is just passed on to the read.table function, so any of the valid argument types for read.table are valid here, too. Must contain one row for each well and each plate.
基因标识的文件的名称（见详情）。这种说法只是通过read.table功能，所以任何有效的参数类型为read.table是有效的，在这里，太。每口井，每块板都必须包含一个行。


参数：path
a character of length 1 indicating the path in which to find the gene annotation file. By default,  it can extract the path from geneIDFile.
一个字符的长度为1表示在其中发现的基因注释文件的路径。默认情况下，它可以从geneIDFile提取的路径。


参数：...
additional parameters - ignored.
额外的参数 - 忽略。


Details

详情----------Details----------

geneIDFileThis file is expected to be a tab-delimited file with at least three columns, and column names Plate, Well and GeneID. The contents of Plate are expected to be integer. Further columns are allowed.
geneIDFileThis文件预计将用制表符分隔的文件至少有三列，列名Plate，Well和GeneID。 Plate内容预计为整数。进一步列是允许的。


值----------Value----------

An S3 object of class cellHTS, which extends the argument x by the following element:
S3对象的类cellHTS，延伸x由以下元素的参数：


参数：geneAnno
a data.frame containing what was read from input file geneIDFile.  The number of rows is equal to the product between the number of wells in each plate and the number of plates.
data.frame是从读取输入文件geneIDFile。行数等于在每个板和板之间的井数的产品。

Moreover, the processing status of the cellHTS object is updated in the slot state to x$state["annotated"]= TRUE.
此外，处理cellHTS对象的状态更新插槽statex$state["annotated"]= TRUE。


作者（S）----------Author(s)----------


Wolfgang Huber <a href="mailto:huber@ebi.ac.uk">huber@ebi.ac.uk</a>, Ligia Braz <a href="mailto:ligia@ebi.ac.uk">ligia@ebi.ac.uk</a>



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>   <code>readPlateData</code>, <code>configure</code>

举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
    datadir <- system.file("KcViabSmall", package = "cellHTS")
    x <- readPlateData("Platelist.txt", "KcViabSmall", path=datadir)
    x <- configure(x, "Plateconf.txt", "Screenlog.txt", "Description.txt", path=datadir)
    x <- annotate(x, "GeneIDs_Dm_HFAsubset_1.1.txt", path=datadir)

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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