R语言 untb包 rand.neutral()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

rand.neutral(untb)
rand.neutral()所属R语言包：untb

                                        Random neutral ecosystem
                                         随机中立的生态系统

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given the size of the metacommunity J, and the fundamental biodiversity number theta, generate an object of class count using a stochcastic mechanism consistent with the neutral theory.
给定的大小的集合群落J，和生物多样性的基本数目theta，生成一个对象类count使用stochcastic的机制与中性理论一致。


用法----------Usage----------


rand.neutral(J, theta=NULL, prob.of.mutate=NULL, string = NULL, pad = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：J
Size of metacommunity
的集合群落的大小


参数：theta
Fundamental biodiversity number theta. User must supply exactly one of theta and prob.of.mutate.
基本生物多样性的数量theta。用户必须提供准确的theta和prob.of.mutate之一。


参数：prob.of.mutate
Probability of mutation nu: theta=2*J*nu.
概率突变nu：theta=2*J*nu。


参数：string
String to add to species names.  By default (ie string being NULL), species are named “1”, “2”,....   Argument string supplies a prefix for these species names; a good one to use is “spp.”.  This argument is useful because printing a count object can be confusing if the species names are all integers.
添加到物种名称的字符串。默认情况下（即string是NULL），物种被命名为“1”，“2”，...。参数string提供了一个前缀为这些物种的名称，使用的是一个很好的“spp.”。这种说法是有用的，因为打印count对象可以混乱，如果种名都是整数。


参数：pad
Boolean, with default FALSE meaning to return a count object having only extant species, and TRUE meaning to pad the count with extinct species to J species. Use this when a vector of length J is required consistently (see examples section).
布尔值，使用默认FALSE的这意味着返回一个count对象有唯一现存的物种，和TRUE的这意味着垫计数J种灭绝的物种。使用时，矢量的长度J要求一致（见示例一节）。


Details

详细信息----------Details----------

Uses the simulation method on page 289 of Hubbell (2001).
使用模拟方法的哈贝尔（2001年）第289页。


注意----------Note----------

If pad is TRUE, and you set string to “extinct”, things will break.
如果pad是TRUE，并设置string“extinct”，事情会打破。


（作者）----------Author(s)----------


Robin K. S. Hankin



参考文献----------References----------

Princeton University Press.

参见----------See Also----------

untb
untb


实例----------Examples----------


rand.neutral(1000, 9)
rand.neutral(1000, 9, string="spp.")

data(butterflies)
rand.neutral(no.of.ind(butterflies), optimal.theta(butterflies),string="spp.")


# what is the distribution of abundance of the second ranked species if[排名第二的物种丰度分布是什么样的，如果]
# J=10, theta=0.7?[J = 10，θ= 0.7？]
plot(table(replicate(100,rand.neutral(10,theta=0.7,pad=TRUE)[2])))


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