R语言 cellHTS2包 spatialNormalization()函数中文帮助文档(中英文对照)

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spatialNormalization(cellHTS2)
spatialNormalization()所属R语言包：cellHTS2

                                        Spatial normalization
                                         空间标准化

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Adjust spatial plate effects. This function works on the data stored in the slot assayData of a cellHTS object by fitting a bivariate function within each plate using local regression (robust local fit) with second degree polynomials. Only wells containing "sample" are considered for the parameter fitting, but adjusted data for all wells are returned.
调整空间的板块效应。此功能在插槽中存储的数据assayDatacellHTS第二次多项式拟合一个二元函数在每个板采用局部回归（robust local fit）的对象。只有井含"sample"参数拟合，但被认为是所有油井的调整后的数据返回。


用法----------Usage----------



spatialNormalization(object, save.model=FALSE, ...)




参数----------Arguments----------

参数：object
a cellHTS object that has already been configured.
cellHTS已配置的对象。


参数：...
Parameters that get passed on to the lp function of locfit. Most relevant are nn and h.
参数被传递到lplocfit功能。最相关的是nn和h。


参数：save.model
a logical value specifying whether the values of the fitted adjustment functions should be returned in the slot rowcol.effects of the returned object.  
一个逻辑值，指定是否应在插槽rowcol.effects返回的对象返回值的拟合调整功能。


Details

详情----------Details----------

This function is typically not called directly, but rather indirectly from normalizePlates function. The normalization is performed separately for each replicate and
此功能通常不直接调用，而是间接从normalizePlates功能。标准化是分别为每个复制


值----------Value----------

An object of class cellHTS with normalized data stored in slot assayData.  Furthermore, if save.model=TRUE, it will contain a slot rowcol.effects, a 3D array with the same dimension as Data(object).
存储插槽cellHTS类assayData规范化的数据对象。此外，如果save.model=TRUE，它会包含一个插槽rowcol.effects，与相同尺寸为Data(object)三维阵列。

Moreover, the processing status of the cellHTS object is updated in the slot state to object@state[["normalized"]]=TRUE.
此外，处理cellHTS对象的状态更新插槽stateobject@state[["normalized"]]=TRUE。


作者（S）----------Author(s)----------


Ligia Bras <a href="mailto:ligia@ebi.ac.uk">ligia@ebi.ac.uk</a>



参见----------See Also----------

medpolish, locfit, plotSpatialEffects, normalizePlates, summarizeChannels, plateEffects
medpolish，locfit，plotSpatialEffects，normalizePlates，summarizeChannels，plateEffects


举例----------Examples----------


    data(KcViabSmall)
    x <- KcViabSmall
    xs <- spatialNormalization(x, save.model = TRUE, h=3)

    ## Calling spatialNormalization function from "normalizePlates":[＃调用“normalizePlates”spatialNormalization的功能：]
    xopt <- normalizePlates(x, varianceAdjust="none", save.model = TRUE)
    all(xs@rowcol.effects == xopt@rowcol.effects, na.rm=TRUE)


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