R语言 untb包 etienne()函数中文帮助文档(中英文对照)

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etienne(untb)
etienne()所属R语言包：untb

                                        Etienne's sampling formula
                                         Etienne的抽样公式

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function etienne() returns the probability of a given dataset given theta and m according to the Etienne's sampling formula.  Function optimal.params() returns the maximum likelihood estimates for theta and m using numerical optimization
函数etienne()返回给定的一个给定的数据集的概率theta和m根据Etienne的抽样公式。功能optimal.params()返回的最大似然估计为theta和m使用数值优化


用法----------Usage----------


etienne(theta, m, D, log.kda = NULL, give.log = TRUE, give.like = TRUE)
optimal.params(D, log.kda = NULL, start = NULL, give = FALSE, ...)



参数----------Arguments----------

参数：theta
Fundamental biodiversity parameter
基本生物多样性参数


参数：m
Immigration probability
入境事务处的概率


参数：D
Dataset; a count object
数据集;计数对象


参数：log.kda
The KDA as defined in equation A11 of Etienne 2005. See details section
KDA如定义在艾蒂安2005 A11的方程。查看详细资料“部分中


参数：give.log
Boolean, with default TRUE meaning to return the logarithm of the value
布尔值，使用默认TRUE返回值的对数，


参数：give.like
Boolean, with default TRUE meaning to return the likelihood and FALSE meaning to return the probability
布尔，默认TRUE的这意味着返回的可能性和FALSE的这意味着返回的概率


参数：start
In function optimal.params(), the start point for the optimization routine (theta,m).
在功能optimal.params()，优化例程(theta,m)的起点。


参数：give
In function optimal.params(), Boolean, with TRUE meaning to return all output of the optimization routine, and default FALSE meaning to return just the point estimate
在功能optimal.params()，布尔，TRUE这意味着返回所有输出的优化程序，默认FALSE这意味着只返回点估计


参数：...
In function optimal.params(), further arguments passed to optim()
在功能optimal.params()，进一步参数传递optim()的


Details

详细信息----------Details----------

Function etienne() is just Etienne's formula 6:
功能etienne()只是Etienne的式（6）：

where \log K(D,A) is given by function logkda() (qv).  It might be useful to know the (trivial) identity for the Pochhammer symbol [written (z)_n] documented in theta.prob.Rd.  For convenience, Etienne's Function optimal.params() uses optim() to return the maximum likelihood estimate for theta and m.
\log K(D,A)的功能logkda()（请参阅）。这可能是有用的知道（微不足道的）身份Pochhammer符号[书面(z)_n：]中的theta.prob.Rd。为方便起见，Etienne的功能optimal.params()使用optim()theta和m返回的最大似然估计。

Compare function optimal.theta(), which is restricted to no dispersal limitation, ie m=1.
比较函数optimal.theta()，被限制为不扩散限制，即m=1。

Argument log.kda is optional: this is the K(D,A) as defined in equation A11 of Etienne 2005; it is computationally expensive to calculate.  If it is supplied, the functions documented here will not have to calculate it from scratch: this can save a considerable amount of time
参数log.kda是可选的：这是K(D,A)2005年，艾蒂安方程A11所定义的，它是计算昂贵的计算。如果它提供的功能，记录在这里将不必从头开始计算，这样可以节省大量的时间


（作者）----------Author(s)----------


Robin K. S. Hankin



参考文献----------References----------



参见----------See Also----------

logkda,optimal.theta
logkda，optimal.theta


实例----------Examples----------


data(butterflies)
## Not run: optimal.params(butterflies)  #takes too long without PARI/GP[＃运行：optimal.params（蝴蝶）＃花费太长时间没有PARI / GP]


#Now the one from Etienne 2005, supplementary online info:[现在，一个从艾蒂安2005年，补充在线信息：]

zoo <- count(c(pigs=1, dogs=1, cats=2, frogs=3, bats=5, slugs=8))
l &lt;- logkda.R(zoo, use.brob=TRUE)  # Use logkda() if pari/gp is available[使用logkda PARI / GP是（）]
optimal.params(zoo, log.kda=l)  #compare his answer of 7.047958 and 0.22635923.[他的回答比较的7.047958 0.22635923。]


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