R语言 cellHTS2包 plotSpatialEffects()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plotSpatialEffects(cellHTS2)
plotSpatialEffects()所属R语言包：cellHTS2

                                        Plate plot with the row and column offsets estimated by the a spatial normalization method
                                         空间标准化方法估计的行和列偏移板图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The function plots the per-plate row and column effects estimated by the B score method or by the spatial normalization.
函数图板每行和列的影响估计由B评分方法或空间标准化。


用法----------Usage----------


plotSpatialEffects(object, channel = 1, plates)




参数----------Arguments----------

参数：object
a cellHTS object that has been normalized using the B score method or other spatial normalization (see details).
cellHTS对象已使用B评分法或其他空间标准化标准化（见详情）。


参数：channel
a numeric value giving the channel of object to plot.
数值渠道object图。


参数：plates
a vector of integers giving the plate numbers to plot. If missing, the function considers all of the plates.
的车牌号码，以积的整数向量。如果缺少的功能，认为所有的板块。


Details

详情----------Details----------

The function plots the plate plots displaying the row and column offsets (stored in slot rowcol.effects of the cellHTS object) within the plates in plates, and for channel channel, as determined by the B score method or spatial normalization. Before plotting the spatial offsets, the values within the chosen channel (argument channel) are transformed in order to be confined in the range [0, 1], as follows:
函数图plate plots显示行和列偏移（存储在插槽rowcol.effectscellHTS对象的）在板块内plates，通道channel “作为由B score method或spatial normalization确定。之前绘制的空间偏移，所选择的通道内的值（参数channel）转化为了限制范围[0, 1]，如下：

Here, yt are the transformed values, and y the estimated spatial effects. The maximum and the minimum values are calculated using all the values in  plateEffects(object)$rowcol[,,channel].
在这里，yt转换值，y估计的空间效果。使用plateEffects(object)$rowcol[,,channel]所有的值，最高和最低值计算。


作者（S）----------Author(s)----------


Ligia P. Bras <a href="mailto:ligia@ebi.ac.uk">ligia@ebi.ac.uk</a>



参见----------See Also----------

plotPlate, Bscore, spatialNormalization, normalizePlates, summarizeChannels
plotPlate，Bscore，spatialNormalization，normalizePlates，summarizeChannels


举例----------Examples----------


    data(KcViabSmall)
    x <- normalizePlates(KcViabSmall, scale="multiplicative", log=TRUE, method="Bscore", save.model = TRUE)
    ## see plate plots with the row and column estimated offsets for plates 1 and 3:[＃板图板1和第3行和列的估计偏移：]
    plotSpatialEffects(x, plates=c(1,3))

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