R语言 Category包 hyperGTest()函数中文帮助文档(中英文对照)

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hyperGTest(Category)
hyperGTest()所属R语言包：Category

                                        Hypergeometric Test for association of categories and genes
                                         超几何类别和基因测试协会

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Given a subclass of HyperGParams, compute Hypergeomtric p-values for over or under-representation of each term in the specified category among the specified gene set.
鉴于HyperGParams，计算Hypergeomtric以上或在指定类别的代表性不足的每学期指定的基因组之间的P-值的一个子类。


用法----------Usage----------


hyperGTest(p)



参数----------Arguments----------

参数：p
An instance of a subclass of HyperGParams.  This parameter object determines the category of interest (e.g., GO or KEGG) as well as the gene set.
一个HyperGParams的子类的一个实例。此参数对象确定兴趣类别（例如，GO或KEGG），以及基因组。


Details

详情----------Details----------

The gene identifiers in the geneIds slot of p define the selected set of genes.  The universe of gene ids is determined by the chip annotation found in the annotation slot of p.  Both the selected genes and the universe are reduced by removing identifiers that do not have any annotations in the specified category.
geneIds槽的基因标识p定义选定的一组基因。 IDS基因的宇宙是由annotationp插槽的芯片注释。双方选定的基因和宇宙降低删除标识符，没有在指定类别的任何注释。

For each term in the specified category that has at least one annotation in the selected gene set, we determine how many of its annotations are in the universe set and how many are in the selected set.  With these counts we perform a Hypergeometric test using phyper.  This is equivalent to using Fisher's exact test.
对于每个指定类的术语，在选定的基因组中至少有一个注解，我们确定其注释中，有多少是在宇宙中的一套，在选定的一组有多少。根据这些记录，我们执行超几何的测试，使用phyper。这相当于使用Fisher精确检验。

It is important that the correct chip annotation data package be identified as it determines the universe of gene identifiers and is often used to determine the mapping between the category term and the gene identifiers.
这是重要的，因为它决定了宇宙的基因标识，通常被用来确定类的术语和基因标识之间的映射，确定正确的芯片注解数据包。

For S. cerevisiae if the annotation slot of p is set to '"org.Sc.sgd"' then comparisons and statistics are computed using common names and are with respect to all genes annotated in the S. cerevisiae genome not with respect to any microarray chip.  This will *not* be the right thing to do if you are working with a yeast microarray.
对于酿酒酵母，如果annotation插槽，p设置“org.Sc.sgd”，然后比较和统计计算使用的通用名称中注明所有基因酿酒酵母的基因组不与任何微阵列芯片。这将*不会*是正确的事情做，如果你是用酵母基因芯片的工作。


值----------Value----------

A HyperGResult instance.
一个HyperGResult实例。


实现说明----------Implementation Notes----------

In most cases, the provided method with signature matching any subclass of HyperGParams is all that will be needed.  This method follows a template pattern.  To add support for a new FOO category type, a developer would need to create a FooHyperGParams subclass and then define two methods specialized to the new subclass that get called from inside hyperGTest: universeBuilder and categoryToEntrezBuilder.
在大多数情况下，签名匹配任何HyperGParams的子类提供的方法是将需要的所有。这种方法如下模板模式。添加一个新的Foo类类型的支持，开发人员将需要创建一个FooHyperGParams子类，然后定义两个方法，专门到新的子类，它要求从里面hyperGTest：universeBuilder“ categoryToEntrezBuilder。


作者（S）----------Author(s)----------


S. Falcon



参见----------See Also----------

HyperGResult-class HyperGParams-class GOHyperGParams-class KEGGHyperGParams-class
HyperGResult-classHyperGParams-classGOHyperGParams-classKEGGHyperGParams-class

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