R语言 Category包 HyperGResult-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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HyperGResult-class(Category)
HyperGResult-class()所属R语言包：Category

                                        Class "HyperGResult"
                                         类“HyperGResult”

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This class represents the results of a test for over-representation of categories among genes in a selected gene set based upon the Hypergeometric distribution.  The hyperGTest generic function returns an instance of the HyperGResult class. For details on accessing the results, see HyperGResult-accessors.
这个类表示一个类别代表根据超几何分布在选定的基因组的基因之间的测试结果。 hyperGTest泛型函数返回一个HyperGResult类的实例。有关访问结果的详细信息，请参阅HyperGResult的存取。


类的对象----------Objects from the Class----------

Objects can be created by calls of the form new("HyperGResult", ...).
创建对象可以通过检测的形式new("HyperGResult", ...)。


插槽----------Slots----------




pvalues: "numeric" vector: the ordered
pvalues："numeric"向量：有序




catToGeneId: Object of class "list".  The names of the list are category IDs.  Each element is a vector of gene IDs annotated at the given category ID and in the
catToGeneId类"list"的对象。名单上的名字是类别ID。每个元素是一个基因的ID在给定的类别ID注明的向量，并在




annotation: A string giving the name of the chip
annotation：一个字符串，给出了芯片的名称




geneIds: Object of class "ANY": the input vector of gene identifiers intersected with the universe of gene identifiers used in the computation.  The class of this slot is specified as "ANY" because gene IDs may be integer or
geneIds：Object类的"ANY"：在计算中使用的基因标识的宇宙相交的基因标识的输入向量。这个槽类被指定为"ANY"因为基因标识，可能是整数或




testName: A string identifying the testing method
testName：一个字符串，确定测试方法




pvalueCutoff: Numeric value used a a p-value cutoff.  Used by the show method to count number of significant terms.
pvalueCutoff：数值用一个p值截止。 show方法用于计算的若干重要方面。




testDirection: A string indicating whether the test should be for overrepresentation ("over") or
testDirection：一个字符串，指示测试是否应该为比例过高（"over"）或




oddsRatios a "numeric" vector giving
oddsRatiosA给予"numeric"向量




expectedCounts a "numeric" vector giving the expected number of genes in the selected gene list to
expectedCounts"numeric"向量基因有望在选定的基因列表


延伸----------Extends----------

Class "HyperGResultBase", directly.
类"HyperGResultBase"，直接。


方法----------Methods----------

See HyperGResult-accessors.
HyperGResult的存取。


作者（S）----------Author(s)----------


Seth Falcon



参见----------See Also----------

HyperGResultBase-class GOHyperGResult-class HyperGResult-accessors
HyperGResultBase-classGOHyperGResult-classHyperGResult的存取

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