GSEAGOHyperGParams(Category)
GSEAGOHyperGParams()所属R语言包：Category
Helper function for constructing a GOHyperGParams objects or
Helper函数或建设GOHyperGParams对象
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Helps to create A parameter class for representing all parameters needed for running the hyperGTest method. If it is a GOHyperGParams object, being made, then with one of the GO ontologies (BP, CC, MF) as the category. This function will construct the parameter object from a GeneSetCollection object and if necessary will also try to check to make sure that the object is based on a GO2ALL mapping.
有助于创造一个参数类代表运行hyperGTest方法所需的所有参数。如果它是一个GOHyperGParams对象，被提出，然后用基因本体类别（BP，CC，中频）之一。此功能将兴建从GeneSetCollection对象参数对象，如有必要也尝试进行检查，以确保该对象的基础上GO2ALL映射。
用法----------Usage----------
GSEAGOHyperGParams(name, geneSetCollection, geneIds, universeGeneIds,
ontology, pvalueCutoff, conditional, testDirection, ...)
GSEAKEGGHyperGParams(name, geneSetCollection, geneIds, universeGeneIds,
pvalueCutoff, testDirection, ...)
参数----------Arguments----------
参数：name
String specifying name of the GeneSetCollection.
字符串，指定名称的GeneSetCollection。
参数：geneSetCollection
A GeneSetCollection Object. If a GOHyperGParams object is sought, then this GeneSetCollection should be based on a GO2ALLFrame object and so the idType of that GeneSetCollection should be GOAllFrameIdentifier. If a KEGGHyperGParams object is sought then a GeneSetCollection based on a KEGGFrame object should be used and the idType will be a KEGGFrameIdentifier.
一个GeneSetCollection对象。寻求，如果GOHyperGParams对象，那么这个GeneSetCollection应根据上GO2ALLFrame对象等，GeneSetCollection idType的应该是GOAllFrameIdentifier。如果一个KEGGHyperGParams对象，然后寻求上KEGGFrame对象为基础的的GeneSetCollection应使用，的idType将是一个KEGGFrameIdentifier。
参数：geneIds
Object of class "ANY": A vector of gene identifiers. Numeric and character vectors are probably the only things that make sense. These are the gene ids for the selected gene set.
对象的类"ANY"：一个基因标识的向量。数字和字符向量可能是唯一有意义的事情。这些都是选定的基因组的基因标识。
参数：universeGeneIds
Object of class "ANY": A vector of gene ids in the same format as geneIds defining a subset of the gene ids on the chip that will be used as the universe for the hypergeometric calculation. If this is NULL or has length zero, then all gene ids on the chip will be used.
Object类的"ANY"：向量的基因IDS在相同的格式为geneIds定义芯片将使用超几何计算宇宙的基因标识的一个子集。如果这是NULL或已长度为零，然后在芯片上所有基因的IDS将使用。
参数：ontology
A string specifying the GO ontology to use. Must be one of "BP", "CC", or "MF". (used with GO only)
一个字符串，指定使用的GO本体。必须是一个“BP”，“抄送”或“MF”。 （只去使用）
参数：pvalueCutoff
A numeric values between zero and one used as a p-value cutoff for p-values generated by the Hypergeometric test. When the test being performed is non-conditional, this is only used as a default value for printing and summarizing the results. For a conditional analysis, the cutoff is used during the computation to determine perform the conditioning: child terms with a p-value less than pvalueCutoff are conditioned out of the test for their parent term.
零和一个用来作为超几何测试所产生的P-值p值截止之间的一个数值。测试时，正在执行的非条件，这仅用于印刷和总结的结果作为默认值。对于有条件的分析，截止期间使用的计算，以确定执行空调：孩子比pvalueCutoff p值条件为他们的父母术语的考验。
参数：conditional
A logical indicating whether the calculation should condition on the GO structure. (GO only)
一个逻辑说明计算应否在旅途中的结构条件。 （只）
参数：testDirection
A string which can be either "over" or "under". This determines whether the test performed detects over or under represented GO terms.
一个字符串，它可以是要么“过度”或“下的”。这决定是否测试或根据代表的GO术语进行检测。
参数：...
optional arguments to configure the GOHyperGParams object.
可选参数，配置的GOHyperGParams对象。
作者（S）----------Author(s)----------
M. Carlson
参见----------See Also----------
HyperGResult-class GOHyperGParams-class geneKeggHyperGeoTest hyperGTest
HyperGResult-classGOHyperGParams-classgeneKeggHyperGeoTesthyperGTest
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发表于 2012-2-25 14:09:07
