trio.data(trio)
trio.data()所属R语言包：trio
Case-Parent Trio Data
案例单亲三人数据
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
trio.data contains several simulated data sets used in the different examples for the analyses with the functions in the R package trio.
trio.data包含几个模拟数据集在不同的实例分析中的功能R套件“trio。
For the applications of genotypic TDTs for individual SNPs and two-way interactions with, for example, tdt and tdt2way, respectively, trio.data contains a 300 x 6 matrix called mat.test consisting of genotype data for 100 trios genotyped at 6 SNPs.
对于应用的基因型TDTs的个人单核苷酸多态性和双向互动与，例如，tdt和tdt2way，trio.data包含300×6矩阵称为mat.test的其中包括为100三重奏基因型在6个SNP位点的基因型数据。
For the preparation of the trio data for an application of trio logic regression with trio.check and trio.prepare, trio.data contains different data set containing genotype data for 10 SNPs in 100 trios in different formats.
对于他们三人编制的数据，应用程序的的三人逻辑回归trio.check和trio.prepare，trio.data包含不同的数据集，其中包含10个位点的基因型数据，在100三重奏以不同的格式。
trio.gen1, trio.gen2, and trio.gen.err consist of 12 columns and 300 rows, where the first two columns contain family identifier and individual identifier. In the columns afterwards, each SNPs is encoded in one variable denoting the number of minor alleles.
trio.gen1，trio.gen2和trio.gen.err包括12列和300行，其中前两个列包含家庭的标识符和个人识别码。在随后的列中，每个单核苷酸多态性是编码在一个变量表示次要等位基因的数目。
trio.ped1, trio.ped2, and trio.ped.err consist of 26 columns and 300 rows, where the first six columns identify the family structure of the data, and the phenotype. Besides the variables providing information on the family structure and the phenotypes (columns 1 to 6), each SNPs is encoded in two variables denoting the alleles.
trio.ped1，trio.ped2和trio.ped.err包括26列和300行，第一列识别的数据和表型的家庭结构。除了变量提供的家庭结构上的信息和表型（列1至6个），每个单核苷酸多态性是表示等位基因编码的两个变量。
Contrary to the other data sets, trio.gen.err and trio.ped.err contain Mendelian errors.
相反，其他数据集，trio.gen.err和trio.ped.err包含孟德尔错误的。
For the application of the functions getLD and findLDblocks for computing the pairwise LD values and for detecting the LD blocks, respectively, trio.data contains a 500 x 50 matrix called LDblock that is composed of genotype data for 10 LD blocks each consisting of 5 SNPs in strong LD.
对于应用程序的功能getLD和findLDblocks成对LD值的计算和检测LD块，分别为，trio.data包含一个500×50的矩阵称为LDblock由10 LD块，每块组成的5个SNPs在强烈的LD的基因型数据。
Finally, for the simulation of trio data with trio.sim, trio.data contains examples for haplotype frequencies used in these simulations. Both freq.hap and simuBkMap are data.frames containing haplotype information, including the haplotype block identifier, haplotype, and haplotype frequency. While freq.hap is a data frame consisting of 20 rows and 3 columns, simuBkMap consists of 66 rows and 3 columns. step3way is a list internally used for simulation, containing some indexes and sampling frequencies.
最后，三人的模拟数据与trio.sim，trio.data包含这些模拟中使用的单倍型频率的例子。这两个freq.hap和simuBkMap是data.frameS单倍型的信息，包括块标识符的单倍型，单倍型，单倍型频率。虽然freq.hap是一个数据框由20行3列，simuBkMap由66行3列。 step3way是用于模拟内部的列表，其中包含的一些指标和采样频率。
（作者）----------Author(s)----------
<code>LDdata</code> and <code>mat.test</code>: Holger Schwender, <a href="mailto:holger.schwender@udo.edu">holger.schwender@udo.edu</a>;
all other data sets: Qing Li, <a href="mailto:mail2qing@yahoo.com">mail2qing@yahoo.com</a>
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发表于 2012-10-1 12:07:21
