tdt(trio)
tdt()所属R语言包：trio
Genotypic TDT
基因型TDT
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Computes the genotypic TDT for a SNP or for each column of a matrix representing a SNP.
计算的TDT的SNP或为一个矩阵的每一列代表一个SNP的基因型。
用法----------Usage----------
tdt(snp, model = c("additive", "dominant", "recessive"))
colTDT(mat.snp, model = c("additive", "dominant", "recessive"),
size = 50)
## S3 method for class 'tdt'
print(x, digits = 4, ...)
## S3 method for class 'colTDT'
print(x, top = 5, digits = 4, ...)
参数----------Arguments----------
参数：snp
a numeric vector of length 3 * t representing a SNP genotyped at t trios. Each of the t blocks (i.e. snp[1:3], snp[4:6], ...) must consist of the genotypes of father, mother, and offspring (in this order). The genotypes must be coded by 0, 1, and 2. Missing values are allowed and need to be coded by NA. The vector must thus have the same structure as the output of trio.check, or the genotype example data sets such as trio.gen1 (see data(trio.gen1)), and can be generated from a ped-file by, e.g., employing ped2geno.
一个数值向量的长度3 * t较SNP基因分型t三重奏。 t块（即snp[1:3]，snp[4:6]，...），必须由基因型的父亲，母亲和后代（按照这个顺序）。必须被编码的基因型，0，1，和2。遗漏值是允许的，需要进行编码NA。因此，该向量必须具有相同的结构作为输出trio.check，或基因型示例数据集，例如trio.gen1（参见data(trio.gen1)），并且可以从一个路人文件生成，例如，采用ped2geno。
参数：mat.snp
a numeric matrix in which each column represents a SNP. Each of the SNPs must have the same structure as snp, and can, e.g., be generated from a ped-file by employing ped2geno.
一个数字矩阵，其中每一列代表一个SNP。的单核苷酸多态性中的每一个必须具有相同的结构snp，并可以，例如，从一个路人文件生成通过采用ped2geno。
参数：model
type of model that should be fitted. Abbreviations are allowed. Thus, e.g., model = "dom" will fit a dominant model, and model = "r" an recessive model.
应嵌合的模型，该模型的类型。缩写是允许的。因此，例如，model = "dom"会适合一个占主导地位的模式，和model = "r"隐性模型。
参数：size
the number of SNPs considered simultaneously when computing the parameter estimates. Ignored if fast = FALSE.
数个SNP位点同时考虑时，计算参数估计值。如果忽略fast = FALSE。
参数：x
an object of class tdt or colTDT, i.e. the output of the function tdt (or tdtGxG) or the function colTDT.
类的一个对象tdt或colTDT，即输出的函数tdt（或tdtGxG）或函数colTDT。
参数：digits
number of digits that should be printed.
应打印的数字。
参数：top
number of interactions that should be printed. If top is less than or equal to zero, set to NA, or larger than the number of SNPs, then the statistics for all SNPs are printed in the order as they were in the genotype matrix used as input into colTDT. Otherwise, the top interactions with the smallest p-values are printed.
应该打印的交互数。如果top是小于或等于0时，设置为NA，或大于的SNP位点的数目，然后可用于所有的SNPs的统计信息的顺序打印在用作基因型矩阵的，因为他们是输入到colTDT。否则，top与最小的p-值的相互作用被打印出来。
参数：...
ignored.
忽略不计。
值----------Value----------
An object of class tdt or colTDT consisting of the following numeric values or vectors, respectively:
类的一个对象tdt或colTDT由以下数值向量，分别组成：
参数：coef
the estimated parameter,
估计参数，
参数：se
the estimated standard deviation of the parameter estimate,
估计标准差的参数估计，
参数：stat
Wald statistic,
Wald统计量，
参数：OR
the odds ratio, i.e.\ exp(coef) </table>
的比值比，即\exp(coef)</ TABLE>
,
，
参数：lowerOR
the lower bound of the 95% confidence interval for OR,
下限的95％置信区间OR，
参数：upperOR
the upper bound of the 95% confidence interval for OR,
上限的95％置信区间OR，
参数：usedTrios
the number of trios affecting the parameter estimation (only for colTDT),
影响参数估计的三重奏（只colTDT），
参数：...
further internal parameters
进一步的内部参数
（作者）----------Author(s)----------
Holger Schwender, <a href="mailto:holger.schwender@udo.edu">holger.schwender@udo.edu</a>
参考文献----------References----------
Rapid Testing of SNPs and Gene-Environment Interactions in Case-Parent Trio Data Based on Exact Analytic Parameter Estimation. Biometrics. DOI: 10.1111/j.1541-0420.2011.01713.x.
参见----------See Also----------
tdt2way, ped2geno
tdt2way，ped2geno
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-10-1 12:07:02
