removeSNPs(trio)
removeSNPs()所属R语言包：trio
Remove SNPs or Trios
的删除单核苷酸多态性或三重奏
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Functions for removing SNPs with a low minor allele frequency or a high percentage of missing values, for removing trios in which at least one member shows a high percentage of missing values, for ordering the SNPs by their position in the genome, and for computing the minor allele frequencies of the SNPs based on only the genotypes of the parents, where each parent is only used once in this computation, even if this person is part of more than one of the trios.
用于除去具有低的次要等位基因频率或缺失值的高百分比的单核苷酸多态性，用于除去三重奏，其中的至少一个部件的示出了高的缺失值百分比，其在基因组中的位置，供订购的SNPs，以及用于计算的功能未成年人的父母的基因型，其中每个家长只用了一次，在这个计算，即使这个人是一个以上的三重奏的单核苷酸多态性等位基因频率的基础上。
用法----------Usage----------
removeSNPs(geno, maf = NA, perc.na = NA)
removeTrios(geno, perc.na = 1)
orderSNPs(geno, map, snp = "SNP", orderBy = c("Chr", "Position"))
colMAFtrio(geno)
参数----------Arguments----------
参数：geno
a matrix in genotype format, i.e.\ the output of ped2geno or read.pedfile with p2g set to TRUE.
矩阵格式基因型，即\ped2geno或read.pedfile与p2g设置为TRUE的输出。
参数：maf
a numeric value. If specified, i.e.\ not NA, all SNPs with a minor allele frequency less than maf are removed, where maf can range from 0 and 0.2. If, e.g., maf = 0, monomorphic SNPs are removed.
一个数值。如果指定的话，即\NA，单核苷酸多态性与未成年人的等位基因频率小于maf被删除，其中maf的范围可以从0~0.2。如果，例如，maf = 0，单态的单核苷酸多态性会被删除。
参数：perc.na
a numeric value between 0 and 1 specifying a cutoff for the percentage of missing values that a SNP or a subject is allowed to have. If more than 100 * perc.na% of the genotypes of a SNP or a subject is missing, then this SNP or the trio to which this subject belong, respectively, is removed geno.
介于0和1之间的一个数值，指定一个截止的SNP或一个主题是允许有缺失值的百分比。如果超过100 *perc.na％的SNP的基因型或主体缺失，那么这个SNP这个问题属于他们三人，分别被删除geno。
参数：map
a data frame containing the chromosome and the position for all the SNPs in geno.
一个数据框包含所有的单核苷酸多态性在染色体的位置geno。
参数：snp
a character string giving the (case-sensitive) name of the column of map containing the SNP IDs used as column names in geno.
给一个字符串列的名称（区分大小写）map含有SNP的ID作为列名在geno。
参数：orderBy
character string of length 2 specifying the (case-sensitive) names of the columns of map containing the chromosomes and the positions of the SNPs in geno.
字符串长度为2的指定列名（区分大小写）map在geno的包含的染色体的单核苷酸多态性的位置。
值----------Value----------
For removeSNPs, removeTrios, and orderSNPs, a reduced or ordered version of geno. For colMAFtrio, a vector containing the minor allele frequencies of the SNPs in geno.
对于removeSNPs，removeTrios和orderSNPs，减少或勒令版本的geno。对于colMAFtrio，一个向量，包含未成年人的单核苷酸多态性等位基因频率在geno。
（作者）----------Author(s)----------
Holger Schwender, <a href="mailto:holger.schwender@udo.edu">holger.schwender@udo.edu</a>
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发表于 2012-10-1 12:06:50
