R语言 CAMERA包 groupFWHM()函数中文帮助文档(中英文对照)

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groupFWHM(CAMERA)
groupFWHM()所属R语言包：CAMERA

                                        FWHM-Grouping of LC/ESI-MS data
                                         半高宽分组的LC / ESI-MS的数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Group peaks of a xsAnnotate object according to there retention time into pseudospectra-groups. Uses the peak FWHMs as grouping borders. Returns xsAnnotate object with pseudospectra informations.
根据集团一个xsAnnotate对象峰有保留时间为伪谱组。使用分组边界峰值FWHMs。返回伪谱信息xsAnnotate对象。


用法----------Usage----------


  groupFWHM(object, sigma = 6 , perfwhm = 0.6, intval = "maxo")



参数----------Arguments----------

参数：object
the xsAnnotate object
xsAnnotate对象


参数：sigma
the multiplier of the standard deviation
标准偏差的乘数


参数：perfwhm
percentage of the width of the FWHM
半高宽的宽度的百分比


参数：intval
intensity values for ordering. Allowed values are into, maxo, intb  
订购的强度值。允许的值是成，maxo，INTB


Details

详情----------Details----------

Every peak who eluate at the same time-point as a selected peak, will be part of the group. Same time-point is defined about the Rt_med +/- FWHM * perfwhm. For a single sample xcmsSet the selection of peaks starts at the most abundant and goes down to the smaller ones. With a multiple sample set the automatic selection uses the most abundant peak as an representative for every feature group, according to the xcms grouping. With the xsAnnotate sample parameter a sample selection can be defined to use only specific samples. See xsAnnotate-class for further information. The FWHM (full width at half maximum) of a peak is estimated as FWHM = SD * 2.35. For the calculation of the SD, the peak is assumed as normal distributed.
每峰洗脱液在相同的时间点作为一个选定的高峰，将成为该集团的一部分。同一时间点的定义有关的Rt_med + /  - 半高宽* perfwhm。为单一样本xcmsSet峰选择最丰富的开始，下降到较小的。与多个样本设置自动选择使用最丰富的峰值为每个功能组的代表，根据xcms分组。样本选择与的xsAnnotate样本参数可以定义只使用特定的样本。看到xsAnnotate-class为进一步的信息。一峰的半高宽（半高全宽）估计为半高宽= SD * 2.35。高峰的SD计算，假定为正态分布。


作者（S）----------Author(s)----------


Carsten Kuhl <ckuhl@ipb-halle.de>



举例----------Examples----------


library(CAMERA)
#Single sample [单一样本]
file <- system.file('mzdata/MM14.mzdata', package = "CAMERA")
xs   <- xcmsSet(file, method="centWave", ppm=30, peakwidth=c(5,10))
an   <- xsAnnotate(xs)
an   <- groupFWHM(an)

#Multiple sample [多个样品]
library(faahKO)
xs   <- group(faahko)

#With specific selected sample[具体的方法抽选的样本]
xs.anno  <- xsAnnotate(xs, sample=1)
xs.group <- groupFWHM(xs.anno)

#With automatic selection[具有自动选择]
xs.anno.auto  <- xsAnnotate(xs)
xs.group.auto <- groupFWHM(xs.anno.auto)

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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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